全基因组关联分析（GWAS）大家都不陌生，今天我们给大家介绍下各种格式之间转化在R语言是怎么实现的。首先我们来看下GWAS都有哪些数据格式： 1. HapMap格式，这也是当...
IP属地：北京
-
GWAS 数据格式说明 -
基本概念：variant，snp，alleleWhat are variants, alleles and haplotypes? What are variants? In the field of genetic v...
-
GWAS基本建模原理混合线性模型 我们说的混合线性模型主要是由固定效应和随机效应所构成的，固定效应是我们主要研究的影响因素，而随机效应是潜在的，影响固定效应的因素。对于混合线性模型来说，随机效应...
-
技术介绍 | 如何从转录组数据中筛选候选基因如何从转录组数据中筛选候选基因 前言 转录组分析的最重要目的之一就是筛选候选基因，需要从转录组数据中筛选出跟研究相关的一个或几个候选基因。筛选候选基因的核心是“基因集GSA”...
-
表达数量性状位点（eQTL）的概念及其相关分析
表达数量性状位点（expression quantitative trait locus, eQTL）是一类能够影响基因表达量的遗传位点（大部分都是单核苷酸多态性，SNP），...
-
免疫学笔记-1 | T细胞分化发育及其Marker1 关键细胞类型或Marker缩写： 骨髓多能造血干细胞 HSC 淋巴样祖细胞 lymphoid progenitor cell T细胞抗原识别受体 TCR 抗原提呈细胞 A...
-
单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法单细胞测序方法和原理系列： 1. 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[https://www.jianshu.com/p/6c5d...
-
抗生素治疗中耐药性resistance，耐受性tolerance和持久性persistence(?)的区别
3背景 抗生素的耐受性与抗生素治疗失败以及许多细菌感染的复发相关。并且与耐药性不同，它需要使用MIC法进行测量，由于一种相似定量分析指标的缺乏，耐受性成为一种特征比较模糊的指...
-
肿瘤突变分析神器-maftools包得益于曾老师的介绍引导，了解此包。了解一个包，先看包的说明书，包的用法都在里面。maftools包说明书 1.安装包，加载包 source("http://bioconduc...
-
TCGA数据库MAF文件的分析以及可视化（maftools包的使用）这两天“王院长”帮别人分析snv数据，顺便给我推荐了一个R包：maftools。我看了一下官网，感觉是个非常强大的R包。那必须要学习起来~实际上网上已经有很多教程了，但都是用...
-
custom_channels，default_channels和channels有什么不同？
custom_channels、default_channels和channels都是.condarc文件中用于配置软件包源的选项，但它们之间有一些不同。 custom_ch...
-
5 分钟入门 Google 最强NLP模型：BERTBERT (Bidirectional Encoder Representations from Transformers) 10月11日，Google AI Languag...
-
荐书丨基因蓝图：DNA如何塑造性格、智力和行为？-【享书社】
基因蓝图：DNA究竟如何塑造我们的性格、智力和行为？ 掌握基因蓝图，认识真实自我！科学大咖45年研究巨献，行为遗传学重磅著作，缓解育儿焦虑的科学良药，给所有人的遗传学和心...
-
社交指纹：通过DNA-启发的行为建模的组机器人检测（Social Fingerprinting: Detection of Spambot Groups Through DNA-Inspired...摘要 本文展示了一个高效机器人检测系统，通过分析账号的行为并使用数字DNA技术来建模社交网络用户的行为。是收到生物学的启发，数字DNA能够用一系列编码的字符能够表示账号的行为...
-
基因和染色体_基因是DNA_超螺旋影响DNA结构-YHM-20191024
超螺旋结构&张力 -DNA的两条链相互缠绕形成双螺旋结构；双螺旋结构也可以自身相互缠绕，来改变DNA分子的空间构象或拓扑结构(topology)，这就是超螺旋(superco...
-
【块】GWAS-1 概念
Genome-wide association study(GWAS)： 简单的说，使用统计模型找到与性状具有协同性的位点，性状指的就是Common complex huma...
-
GWAS分析总体流程
概念 （1）GWAS： 全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择（MAS）或者基因定位 （2）GWAS分析的两类性状： 分类性状（阈值性状...
-
孟德尔随机化发高分SCI必备的一些基本概念及计算-MAF
大家好，孟德尔随机化很多人都是从TwoSampleMR包入手学习的，很多GWAS的概念如果不搞清楚，写SCI的时候容易犯一些概念性的错误，低分的杂志可能大家都很水，可能也就一...
-
EnhancedVolcano -- 火山图全攻略小郭叨叨叨：本文档主要介绍EnhancedVolcano包及参数说明。作者 Kevin Blighe，R包信息参见Publication-ready volcano plot...
