单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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单细胞之富集分析-6：PROGENy -
基于R语言绘制Network几种方式平时对于网络图的绘制，一般我们都会在R中生成边和点列表后导入到Cytoscape和Gephi等的本地工具软件当中，而R语言中也自带有不少优秀的包也可精美的可视化我们的数据，所...
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复现NC图表：二分图 (bipartite plot) 网络绘制（三种方法）-应用于细胞互作受配体展示-调控网络展示等等如题，这个标题有点长，首先我们需要展示的图是bipartite plot，中文有叫二分图、连线图的，总之就是展示两组之间网络关系。可以应用的地方有很多，不只是我们介绍的互作关...
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单细胞分析之细胞交互-4：NicheNet常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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Cytoscape可视化单细胞SCENIC结果：不同细胞类型上下调转录因子网络图运行SCENIC参考文献[https://mp.weixin.qq.com/s/QRXYjYl3YqoCTkeXBvXEuw]Cytoscape视频教程[https://mp...
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Linux学习笔记(五)：解决.bashrc文件每次打开终端都需要source的问题
为什么每次打开Xshell终端，都要source一下.bashrc? 为了弄明白这个问题，首先，我们需要搞明白Linux启动时读取配置文件的顺序。在刚登录Linux时，首先启...
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基于Scanpy AnnData的细胞自动注释：SCCAF对SCCAF的基本介绍[https://mp.weixin.qq.com/s/AnhKvVlr_2uzEz2jY_nNbA] 单细胞聚类评估框架（Single-Cell Cl...
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ROGUE：计算单细胞数据中细胞群的纯度（异质性）在非监督的单细胞数据分析中，给定细胞cluster的均一性往往是不清楚的，也就是说我们并不知道分出的一个cluster中是否是一种细胞，还是依然包含了多种细胞。因此有人提出了...
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R x相关性计算时缺失值的处理
我们拿到的观测数据常常是有缺失值的，有时候基于数据分布是可以预测缺失值。有时候却是不能，比如缺失值太多，数据量太小。因此，计算相关性时需要考虑到缺失值的使用。在R中的基础函数...
