今天把官网流程全部看了一遍按照这样操作了,看了一下数据正在下载,明天看一下有没有报错产生,不知道会有啥问题等待解决。 Source:https://www.ncbi.nlm....
刘小泽写于18.7.17所有的数据,一旦要找变异位点信息,就离不开VCF。豆豆也是在写一个重测序的操作流程,遇到了VCF文本,之前也是没有了解过,这次再多学一个格式官方最新说...
rm(list=ls())my_data <- read.csv("expr_counts.csv")library('tidyr')library('rtracklayer...
MaGeck MaGeck是对CRISPR screen结果进行筛选的软件,差异表达的对象是sgRNA,再对不同sgRNA的结果进行整合,得到差异基因。 1. median-...
前言 我还未想到这个专题叫什么...... 暂定“XXX就那样”? 我们先来个斗鸡眼,看着一下中间的QT。 1.什么是数量性状?(quantitative trait,QT)...
作者:Philip Yang 链接:https://www.zhihu.com/question/27695566/answer/40741777 来源:知乎 著作权归作者所...
越来越懒了,不想写记录呀!算了,强迫自己一把! 水平有限,若有错误,恳请指出! 信使RNA ( messenger RNA, mRNA)加工过程中的精细调控对基因的表达具有重...
Backgroud APA(alternative polyadenylation)在大多数人类基因的转录后调控中发挥着重要作用。通过使用不同的多聚腺苷酸化(poly(A))...
在之前的学习和练习里,比对这一步我使用过bowtie2(DNA比对)和hisat2(RNA-seq比对),现在学习另一个很火的软件:STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
利用STAR完成了reads的比对,接下来使用rsem进行转录本定量。 Build References --gtf mouse_ref/gencode.vM25.anno...
1.准备工作 工作目录管理 详细命令 2.数据下载 第一步 在文章中找到GSE编号 → 在GEO页面的accession搜索GSE编号 → 在结果页面寻找 BioPro...
目前我们主要分析的数据还是二代测序的数据,也就是大家经常挂在嘴边的 NGS,而这其中最大的赢家应该算是 illumina 测序公司了,其经典的边合成边测序(sequencin...
写在前面:本文内容出自生信技能树的生信入门系列课程笔记,感谢小洁老师、Jimmy老师的分享。 GEO数据挖掘分析思路:1.找数据,找到GSE编号2.下载数据(表达矩阵、临床信...
要玩图,离不开哈德雷大神的《R数据科学》,第1章和21章是专门讲图的,我写过对应的笔记:https://www.jianshu.com/p/4a154f6f0de7https...
最近安装R包时出现“WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installe...