很多植物转录组学文章中，都有整合激素相关基因和表达数据的pathway图，直观地展示通路及其中重要基因的位置和功能。最经典的两种形式，一是用不同颜色直观展示pathway中的...
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2022-06-03如何快速分析植物激素通路相关基因 -
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RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 2、StringTie 将比对好的reads进行拼装并预计表达水平 3、SAM tools 课上已经用sudo a...
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中科院研究生在读，努力学习中
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RNA-seq入门实战（三）：从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵本节概览：从featureCounts输出文件中获取counts与TPM矩阵:读取counts.txt构建counts矩阵；样品的重命名和分组；counts与TPM转换；基因...
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高等植物中CHG DNA 甲基化与组蛋白H3K9me2 修饰之间的正反馈调控机制及其生物学意义正反馈调控机制 在高等植物中，CHG DNA甲基化与组蛋白H3K9me2修饰之间是通过DNA甲基转移酶CMT3和KYP之间的强化环调控的。 CMT3与含有H3K9me2的核小...
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【文献笔记】DNA，RNA以及组蛋白的甲基化在衰老和肿瘤中的作用这篇文献是于2019年发表在Nature reviews molecular cell biology（影响因子55）的一篇综述。主要介绍了DNA, RNA和组蛋白甲基化在衰...
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R 数据可视化 —— 相关系数图一、ggplot 相关系数图 前言 相关系数图是对相关系数矩阵进行可视化的，用于展示多组变量之间的相关性。 根据数据的分布特征，可以应用不同的相关系数计算方法，如 pears...
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使用edgeR进行无重复差异表达分析写这篇文章一部分原因是填2年前的一个坑 转录组入门（7）：差异表达分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波无重复的差异表达分析, 所以专门去学了edgeR 我个人是不太推荐...
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GWAS--软件EMMAX和GEMMAEMMAX 下载：http://csg.sph.umich.edu//kang/emmax/download/index.html解压后即可直接用 前期需plink准备输入文...
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持续改进 | 全基因组特征标记可视化 - TBtools写在前面 这两三天，主要是优化了 TBtools 的一些可视化功能。其中包括 JIGplot 的增强。有一定的效果。改动很多，也有不少新的思路和实现，但能用文字写出来，或者写...
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常用生物信息学分析在线网址生物信息学分析和作图是科研狗们的必备技能。近几年，随着数据类型的增多，excel、SPSS等常用软件已经不能满足科研需求了。R语言以其方便、快捷的优势，迅速获得许多编程技术不...
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分子进化笔记（四）: MEGA5构建系统发育树本文转载自http://blog.sina.com.cn/s/blog_5eb2fefb0101gny0.html 1．准备序列文件 准备fasta格式序列文件（fasta格...
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VM 安装VMware tools在VM安装ubuntu的朋友都会发现, 安装好的ubuntu用起来会很不方便，不能全屏放大，本机系统和ubuntu系统传输文件也不方便。所以这个时候就很需要一个工具，VMwa...
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收集一些生物信息学的分析流程的文章。感谢这些简友整理的生信分析流程！ 如果简友投稿没有被我收入专题，可能是我没看到或者收入到其他针对性更强的专题中了。望见谅！ 🕛🕐🕑🕒🕓🕔🕕🕖🕗🕘🕙🕚 文章的收录是有顺序的，查看的时候请点击“最新收录”然后进行查看。 👣 全基因组测序(WGS)分析 👣 转录组分析RNA-seq的分析流程 👣 染色质免疫共沉淀技术ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 👣 单细胞scRNA-seq分析 👣 癌症的预后标志物查找 👣 系统发育演化进化树构建与分析 👣 群体遗传学分析 👣 全基因组关联分析(GWAS) 👣 基因家族的分析 👣 甲基化测序与分析 👣 KEGG/GO功能富集分析 👣 图形绘制具体细节的比如热图、曼哈顿图的绘制等 👣 python、perl、R的包的使用过程 👣 具体工具的使用，比如GATK的使用过程 👣 数据库的挖掘方法，比如TCGA数据库的使用 👣 另外就是整个文章走下来的流程 👣 👣 👣
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转录组Transcriptome 转录组学Transcriptomics 1.基因表达分析 Gene expression analysis 2.基因调控网络 Gene Regulation Network
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从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第1节 DNA测序技术前言 基因测序已是时下热门，目前除了华大基因之外，其他分布于全中国的大型测序平台（HiSeq X 10）还有约10个，每个每年大概能完成1.8万人的高深度全基因组测序，加起来...
