洪武三年（1370年）四月，明太祖朱元璋为确保明王朝的长治久安，想方设法加强皇室本身的力量，其具体的办法就是分封诸子为王。他把宗室二十五人（24个儿子和1个从孙）封为藩王，分驻北部边境和全国各战略要地。
明朝初年，每一个藩王除食粮万石以外，还有军事指挥权。九位塞王（辽、宁、燕、谷、代、晋、秦、庆、肃）因有防御蒙古贵族侵扰的重任，所以护卫甲士尤多。晋王、燕王多次出塞征战，打败蒙元残余势力的军队，尤被明太祖重视，军中大将皆受其节制。尤其是燕王朱棣，由于功绩卓著，朱元璋令其“节制沿边士马”，地位独尊。
在分封诸王之后，朱元璋曾规定凡受封诸王必须离开京城，到封地就藩。不允许各亲王之间相互往来，即使入朝，也不能同时前来，必须一王离京，另一王才可启程，目的是防止各诸王间相互勾结对朝廷不利。并且在其成法中有一条是关于“靖难”的。即规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利。“靖”指平息，扫平，清除。“靖难”代表平定祸乱，平息战乱，扫平奸臣的意思。而清君侧的前题就是皇帝必先召唤藩王，藩王才能起兵，且成功铲除奸臣后要五日之内离京。
洪武二十五年（1392年），皇太子朱标病逝，其深得明太祖喜爱的次子朱允炆被立为皇太孙。洪武三十一年（1398年）闰五月，朱元璋病故，朱允炆即位，是为明惠帝，改元建文。朱元璋对皇孙即位放心不下，曾在病中立下遗诏，不许诸王“入临、会葬”，但燕王朱棣得知父王病逝时，仍直奔京师南京。朱允炆闻讯后，立刻派人持敕，令朱棣返回燕京（今北京），对此朱棣十分不悦。
建文帝即位后，镇守北部边疆的诸王已有很大的权势，他对这些皇叔们开始忧心忡忡。建文元年初（1399年），朱棣曾亲自入朝，自恃皇叔身份，径直走皇道入宫，登陛不拜。监察御史曾凤韶弹劾其不敬，户部侍郎卓敬也密奏，建议将他徙封至南昌，但都被朱允炆以“骨肉至亲”，婉言拒绝。朱棣察觉到朝廷对自己怀有贰心，回燕王府后，便托辞患病，以观事态的变化。
面对藩王的势力越来越大，建文帝在兵部尚书齐泰、太常卿黄子澄的建议下开始削藩，先后废除五位亲王（周、齐、湘、代、岷）。由此，藩王与朝廷开始决裂，此时实力最强的燕王就成了真正的众藩之首。
燕王朱棣见到几位藩王先后被削，明白如此下去必无法逃过此劫，遂一边争取时间一边做战争准备。1399年初，朱棣装病，诱使惠帝放三子回北平，之后由于属下被朝廷处死，遂装疯。后来王府长史葛诚叛变，密奏朝廷“燕王装病”。
建文帝得知燕王异状后，1399年七月初四，命张昺、谢贵带兵包围了燕王府。朱棣假意将官属全部捆缚，请二人进府查验。二人进府后，朱棣派出府内死士将其擒获，并连同府内叛变的葛诚、卢振一同处决。当日夜里，朱棣攻下北平九门，遂控制北平城，并指齐泰、黄子澄为奸臣，以“清君侧，靖国难”的口号起兵反抗明朝中央政府。建文帝随后急召各诸王讨燕，有的诸王积极响应朝廷号召，有的诸王则被燕王收编。自此燕王与建文帝之间展开了激烈的夺位与保位之争。
建文四年（1402年）六月十三，燕军抵金陵。守卫金川门（位于南京城西北面）的朱橞和李景隆望见朱棣麾盖，开门迎降，是为金川门之变。燕军攻入金陵，江山易主。历时四年的“靖难之役”以燕王朱棣的胜利而告终。
燕王进京后，宫中突起大火，建文帝下落不明。有人说建文帝于宫中自焚而死，或云建文帝由地道出亡，落发为僧，云游天下。从此建文帝的真正下落成为明史上的一大悬案、千古之迷。
