conda的下载、安装、激活与使用

下载

用 wget命令下载

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

网址可以百度conda，在清华镜像网站上找到

下载之前可以用 uname -a命令查看服务器是多少位的

安装

使用命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

最后出现Thank you for installing Miniconda3!表示安装成功

激活

安装结束后使用source ~/.bashrc激活conda

激活后输入conda查看，如果出现满屏的信息说明激活成功

<mark style="box-sizing: border-box; background: rgb(255, 255, 0); color: rgb(0, 0, 0);">添加镜像</mark>(相当于给conda添加下载的网址)

使用中科大的镜像 conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes

使用

1. 查看当前下载的软件

   conda list

2. 安装软件

   conda install fastqc -y

   默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本,如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

3. 查看软件是否安装成功 可以使用帮助文档，只有能正常使用的软件可以查看帮助文档 fastqc --help(<mark style="box-sizing: border-box; background: rgb(255, 255, 0); color: rgb(0, 0, 0);">此处--必须是两个</mark>)

4. 卸载软件

   使用命令 conda remove fastqc -y

5. 查看conda环境

   conda info –envs

   想要改变环境变量，以rna-seq为例

   先建立一个****名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic

   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

6. 激活新的环境变量 conda activate rna-seq

7. 退出当前环境 conda deactivate