生信星球——Day 3

今天时间不够，只是简单地按照教程完成了基本的mini conda的安装，并使用miniconda安装fastqc

conda

相当于app store，可安装各类生信软件

miniconda 下载、安装与激活

添加镜像

此段代码明日应回顾,并补充理解

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

conda安装软件

  • 查看当前服务器上安装的所有软件列表
    conda list
  • 安装软件
    conda install fastqc -y#-y即自动说yes，在fastqc后可用=0.11.7指定版本号
  • 确认fastqc软件是否安装成功
    fastqc --help
    会出现帮助文档
  • 卸载软件
    conda remove fastqc -y

思维导图

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