linux环境下的软件安装

miniconda

• 抛弃图形界面的思维

  
  
  图源生信星球

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#查看服务器是多少位
bio03@VM-0-6-ubuntu:~$ uname -a
Linux VM-0-6-ubuntu 4.15.0-118-generic #119-Ubuntu SMP Tue Sep 8 12:30:01 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

右键复制链接

进入biosoft目录 wget命令 鼠标右键粘贴链接

安装miniconda

复制刚下载的文件名，bash命令

按Enter跳过版权信息，yes确认安装

成功安装

source ~/.bashrc 激活conda

添加镜像（代码源生信星球）

使用conda

1. conda list查看软件列表
   

   查看当前服务器上安装的所有软件列表

2. conda install fastqc -y安装fastqc
   默认安装最新版本，若需要用到老版本可指定版本号 conda install fastqc = 0.11.7 -y
   

3. 确认fastqc软件是否安装成功

   
   
   fastqc -help 出现帮助文档

4. 卸载软件
   conda remove fastqc -y

conda 环境

conda info --envs

#查看当前conda环境
(base) bio03@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio03/miniconda3

conda create -n env_name python=version package_names
-n是指接下来的参数指定虚拟环境名，与--name等效，python为指定的将要创建的虚拟环境名。
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
建立名为rna-seq的conda环境，指定Python版本，安装fastqc trmmomatic软件。

建立环境

再次查看环境

查看虚拟环境 conda env list或conda info -e
激活虚拟环境conda activate env_name
退出虚拟环境conda deactivate
删除虚拟环境conda env remove -n python

退出环境 用户名root前面回到base

注：env 显示当前用户的环境变量，即environment的缩写。
linux是多用户操作系统，每个用户默认的运行环境是一组环境变量。

.bashrc是用户自定义配置的文件, vi ~/.bashrc编辑文件。
source命令也称为点命令，通常用于重新执行刚修改的初始化文件，使之立即生效，而不必注销重新登陆。
用法 source filename或 . filename
详见https://blog.csdn.net/weixin_44439904/article/details/109505753