企业绩效考核和公共部门绩效考核在形式、方法和标准等方面不同，但是其核心都是为了提高组织的效能，实现组织目标。二者差异表现在以下几个方面：
1、价值取向不同
企业组织的绩效目标是侧重于投入产出比例，即企业强调自己组织的盈余率或利润，在此基础上才考虑组织的社会目标，基于此，企业要求员工关注与组织的利益。公共组织侧重于加之层面的社会目标。即社会的公平与稳定。公共组织的投入产出比例很难进行经济效益的衡量，公务人员的工作不关注组织的效益，而更多关注于社会价值和公众的需求。由于公共组织和企业组织的追求价值不同，二者对员工的管理模式不同，因此政府公共组织更侧重于考核的稳定性、价值性、社会性，企业组织则更加注重效益和组织的竞争力。
2、目标不同
作为公共部门，其核心目标是为了实现公共利益，而企业则是为了实现自己的经济目标，即企业效益。二者的目标不同决定了二者的组织结构、组织形式、运行机制不同。公共部门的设立运行有严格的组织程序和法律依据，每个部门的职能和职权都有法律严格规定，其运行具有相对的规范性和稳定性，现代组织多是依据《组织法》和拥有法定职权，组织成员的选拔通过考录方式进入。企业则是依据自身组织发展的需要，其组织成员按照产品的生产和销售方式组成，具有较大的流动性。
3、员工的晋升、考核、奖惩方式不同
公共组织员工的晋升、奖惩多是依据比较呈温和规范的公务员管理条例或法规来进行，奖惩侧重于员工的德、能、勤、绩等综合性指标来进行，对员工的综合考核涉及到员工的荣誉和社会地位，一般来说，公共组织不采取物质奖励的方式进行激励员工，但是公共组织的考核往往是累加性的。即考核结果可以跨年度有效。企业组织以市场为唯一的目标，侧重于经济奖惩，尽管现代企业采取了很多种运用考核激励员工的方法，但是在激烈的市场竞争和人才高速流动背景下，企业员工晋升、奖惩具有跨越式的特点。
