作为张居正的继任者，申时行采取中庸调和策略，主张以道德教化缓和矛盾，避免激进改革。他深谙文官集团的双重性——表面崇尚道德，实则追逐私利，因而试图以“恕道”平衡各方利益。
申时行与万历皇帝关系微妙，他担任经筵讲官时以委婉劝谏代替强硬进言，但皇帝日益消极怠政（如长期罢朝），使其调和策略逐渐失效。
面对文官集团的派系斗争和皇权的消极抵抗，申时行陷入两难：既无法强硬约束皇帝，也难以满足文官集团的道德诉求。
此部分还隐含了后来的“国本之争”，申时行在立储问题上左右为难，既不能违背礼法，又无法说服万历皇帝，最终导致其权威受损。
黄仁宇借此揭示明代政治的深层问题——依赖道德而非制度管理，使首辅即便如申时行般精明务实，仍难逃体制性失败。申时行的困境，实为整个文官政府无法实现有效治理的缩影。
