水稻的基因号大致分为两类，一类是RAP号，格式为“Os-Chr-g-number”，另一类是MSU号，格式为“LOC_Os-Chr-g-number”。平时做各种分析时，需要...
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[基因组学]使用biomaRt做水稻ID转换及相关信息的填充
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1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysisR/qtl是一个可扩展的、交互的、用于QTL定位的R包，集数据分析和绘图于一体。特点是使复杂的QTL定位方法被广泛使用，使用户专注于建模而不是计算。 官网：https://r...
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RIdeogram绘图RIdeogram 1、加载包 2、数据 （1）包内就有的数据集human_karyotype （2）包内就有的数据集gene_density （3）包内就有的数据集Rand...
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请问结果优化的时候发生如下报错是什么原因：03.result_mod.sh: 2: Syntax error: Unterminated quoted string
生信分析22：完整的转座子注释流程
本次推送是文献分享22的对应内容。我与生信，公众号：我与生信文献分享22：泛基因组解析柑橘亚科进化以及柑橘果实中柠檬酸积累的关键基因[http://mp.weixin.qq....
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单细胞分析1（一文读懂单细胞测序分析流程）基础流程（cellranger）(细胞管理员) cellranger 数据拆分 cellranger mkfastq可用于将单细胞测序获得的 BCL 文件拆分为可以识别的 f...
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生信分析22：完整的转座子注释流程本次推送是文献分享22的对应内容。我与生信，公众号：我与生信文献分享22：泛基因组解析柑橘亚科进化以及柑橘果实中柠檬酸积累的关键基因[http://mp.weixin.qq....
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Pilon | 基因组纠错
前言 三代测序错误率比较高，一般组装后需要进行纠错来提高准确度。本次介绍使用Pilon通过引入二代测序数据来对三代基因组进行纠错。 Pilon官网 Pilon软件安装 Pil...
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Juicer: 辅助基因组组装
Juicer: 辅助基因组组装 导读 本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍，并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。 1. 介绍...
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利用Juicer v2.0挂载染色体
最近在搞基因组，前面contig的组装难度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等组装就可以了。 组装完毕后，contig挂载成染色体，可以采用高密度遗传连...
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【GWAS】GAPIT使用教程
GAPIT（genome association and prediction integrated tool）华盛顿大学等于 2012 年开发的软件（软件主页：http:/...
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Hi-C 进行染色体挂载Hi-C 技术原理 Hi-C是染色质区域捕获（Chromosome conformation capture）与高通量测序（High-throughput sequencin...
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序列比对工具 | BLAST、 BLAT、 diamond基本概念 相似性（similarity） 一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其他一些合适的度量 如：A序列和B序列的相似性是80% 同源性（homology）...
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2020-02-09 tRNAscan-SE使用说明（转运RNA预测）
参考： tRNAscan-SE使用说明https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/77853662 注意，这个软件是直接...
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基因组共线用Mauve文献信息标题：Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements[http...
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GenomeScope 2.0 评估基因组大小、杂合度和重复序列GenomeScope 是2017年发表在 bioinformatic 的一个工具，这个工具的目的就是处理一些高复杂度的基因组，比如说高杂合度或者基因组非常大的物种。Geno...
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文章复现-全外显子数据分析学习7-bam文件载入igv可视化what is bam bam（或者是sam，cram）文件，是比对后拿到的文件，sam文件是纯文本，非常占用存储空间，bam是sam的二进制格式，cram则是进一步压缩后的...
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bedtools的使用技巧（持续更新）参考链接(注意这个是旧版，但是写的很详细！)：https://anjingwd.github.io/AnJingwd.github.io/2017/08/19/bedtool...
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Mafft Trimal Fasttree建树导读 barrnap预测细菌基因组16S，获取结果文件第二行最长16S，保留>1400bp的16S。mafft做序列对齐。trimal修剪序列。fasttree建树。ggtr...
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MAnorm2：ChIP-seq数据分组比较软件
前言 ChIP-seq 技术是研究蛋白质与DNA相互作用的重要手段，被广泛用于揭示转录因子和组蛋白修饰在全基因组范围内的结合位点的分布情况。近年来，随着实验技术的发展和测...
