水稻的基因号大致分为两类，一类是RAP号，格式为“Os-Chr-g-number”，另一类是MSU号，格式为“LOC_Os-Chr-g-number”。平时做各种分析时，需要...
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[基因组学]使用biomaRt做水稻ID转换及相关信息的填充
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1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysisR/qtl是一个可扩展的、交互的、用于QTL定位的R包，集数据分析和绘图于一体。特点是使复杂的QTL定位方法被广泛使用，使用户专注于建模而不是计算。 官网：https://r...
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RIdeogram绘图RIdeogram 1、加载包 2、数据 （1）包内就有的数据集human_karyotype （2）包内就有的数据集gene_density （3）包内就有的数据集Rand...
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单细胞分析1（一文读懂单细胞测序分析流程）基础流程（cellranger）(细胞管理员) cellranger 数据拆分 cellranger mkfastq可用于将单细胞测序获得的 BCL 文件拆分为可以识别的 f...
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生信分析22：完整的转座子注释流程本次推送是文献分享22的对应内容。我与生信，公众号：我与生信文献分享22：泛基因组解析柑橘亚科进化以及柑橘果实中柠檬酸积累的关键基因[http://mp.weixin.qq....
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Pilon | 基因组纠错
前言 三代测序错误率比较高，一般组装后需要进行纠错来提高准确度。本次介绍使用Pilon通过引入二代测序数据来对三代基因组进行纠错。 Pilon官网 Pilon软件安装 Pil...
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Juicer: 辅助基因组组装
Juicer: 辅助基因组组装 导读 本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍，并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。 1. 介绍...
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利用Juicer v2.0挂载染色体
最近在搞基因组，前面contig的组装难度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等组装就可以了。 组装完毕后，contig挂载成染色体，可以采用高密度遗传连...
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【GWAS】GAPIT使用教程
GAPIT（genome association and prediction integrated tool）华盛顿大学等于 2012 年开发的软件（软件主页：http:/...
