
@追梦人0607 不用,normalize不用再做了,scale要再做一次
Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中,在确定细胞类型后,除了可以进行差异表达基因分析外,还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析,这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
在单细胞数据分析中,在确定细胞类型后,除了可以进行差异表达基因分析外,还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析,这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
轨迹分析系列: 单细胞之轨迹分析-1:RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析(Pseudot...
拟时(pseudotime)分析,又称细胞轨迹(cell trajectory)分析,通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程,在发育相关研究中使用频...
关于什么是“拟时序分析”,可以参考本期推送的另一篇推文。这一篇直接演示代码 monocle2这个软件用得太多了,很多文章都是monocle2的图。因为只使用表达矩阵作为输入,...
一、基本概念 RNA-seq即转录组测序[https://baike.baidu.com/item/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E6%B5%8B%...
前言:进行RNA-seq入门实战首先需要有一定的linux与R基础,推荐跟着B站生信技能树-jimmy老师学习打牢基础:【生信技能树】生信人应该这样学linux(更新至第14...
本节概览:1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichp...