1.问题 应该是会经常遇到这样的热图，就是说它的聚类情况无法与分组信息吻合。其实这个并不是错了，是因为用于聚类的行（选出的这部分基因）的表达模式在两组之间没有明显区别。只要改...
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R语言分析4：一致性聚类分析（ConsensusClusterPlus）一致性聚类是一种提供定量证据的方法，用以确定数据集中可能的聚类的成员及数量，例如微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用，以发现了新的疾病分子亚类。一致性聚类方...
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R语言分析5：TMB分型肿瘤突变负荷（Tumor Mutational Burden, TMB），指肿瘤细胞基因组中，基因的外显子编码区每兆碱基中发生置换和插入或缺失突变的总数。从理论上来说，高TM...
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R语言分析6：TIDE评分TIDE（http://tide.dfci.harvard.edu/[http://tide.dfci.harvard.edu/]）代表肿瘤免疫功能障碍和排斥，用于评估免疫疗...
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SRA Toolkit - prefetch 快速下载NCBI SRA数据sratoolkit 是NCBI提供的用于处理来自SRA 数据库测序数据的一个工具包。 #1. sratoolkit 配置 #1.1 sratoolkit 下载 首先，下载最...
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生物信息学流程：mRNA Analysis PipelineIntroduction 介绍 GDC mRNA定量分析管道测量 HT-Seq 原始reads统计中的基因表达水平，Fragments per Kilobase of t...
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【转】基因组比对文件（SAM/BAM） Soft Clip 与 Hard ClipClip 的含义 Clip 作为名词讲，有剪下来的东西的意义，在SAM/BAM 比对文件里面，用于描述那些一条序列上，在序列两端，比对不上的碱基序列（还是很形象的，一条上比对...
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安装Aspera Connect工具下载sra数据
比较悲催的是现在下不了，查了很多没有找到解决办法 加上一个端口参数 -P 33001，貌似可以下载了（今天2019.5.23晚上在摸索下） 一、下载安装Aspera Conn...
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教你3种方法下载NCBI GEO数据1.常规下载方式：prefetch 对于常规下载sra数据来说，NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit)，其中用prefetch来下载数据，用fast...
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Ubuntu miniconda3安装与环境配置
1.软件下载，使用清华镜像源，便于下载，进入清华镜像源anaconda页面：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anacond...
