轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操 -
单细胞之轨迹分析-3：monocle3轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程目录：1. 原理介绍2. 操作演示3. 关于Harmony操作是否会对差异分析产生影响 1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomic...
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震惊！！KEGG官方工具能够完成任何物种的KEGG注释！！！写在前面 之前介绍过使用EggNOG-mapper对非模式物种快速完成KEGG注释的推文https://mp.weixin.qq.com/s/kIf6C2u3FID3ZeLt...
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单细胞分析--FindConservedMarkers 运行报错
按照教程进行运行的时候报错：运行命令：cluster0_conserved_markers <- FindConservedMarkers(seurat_integrated...
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@dandan_9520 不应该呀，你有试过在网页中直接注释吗？就用最普通的方法
使用egg-nog进行非模式生物的基因注释——以昆虫为例
为什么写这个文章，其实是自己在安装和运行的过程中遇到了两个关于软件安装版本的问题，和一个路径问题（1）软件安装的版本不是最新的。（2）安装上新版本了，但是内部涵盖的软件本身的...
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单细胞转录组流程一：安装运行cellranger及结果解读
单细胞分析流程之Cell Ranger 相信做单细胞的小伙伴对Cell Ranger这个软件都不陌生，我们今天就来了解一下Cell Ranger的安装和使用方法。Cell R...
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@dandan_9520 可以这么操作，没问题。
使用egg-nog进行非模式生物的基因注释——以昆虫为例
为什么写这个文章，其实是自己在安装和运行的过程中遇到了两个关于软件安装版本的问题，和一个路径问题（1）软件安装的版本不是最新的。（2）安装上新版本了，但是内部涵盖的软件本身的...
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一键解决不同物种间的直系同源基因的转换一键解决不同物种间的直系同源基因的转换 今天推荐一个数据库网站，可以直接在网站上进行转换，比如我们就知道果蝇这个物种，他们自己的名字名命就是和别的物种不一样，总有一些自己的叫...
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【转录组07】样本表达分布、相关性分析&差异表达分析一.样本表达分布 箱式图 小提琴图 概率密度分布图 以上三个图结合起来可以看总体样本表达分布图 二.样本的相关性 层次聚类树————通过计算点与点之间的空间距离对样本进行类别...
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STEP6:WGCNA相关性分析因为样本数量比较可观，所以可以进行WGCNA分析。这里是并不需要选取所有的基因来做WGCNA分析，挑选的标准可以是top变异程度大的基因集合，或者显著差异表达的基因集合等等。...
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【画图】pheatmap多图组合1. 解决问题 在进行多图绘制的时候，用cowplot::plot_grid函数进行多图组合，结果在多图组合的时候，别的ggplot画图的对象没有任何问题，但是pheat...
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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
使用ggord包进行PCA分析和作图PCA（Principal Component Analysis）主成分分析， 用来考察多个变量间相关性一种多元统计方法，研究如何通过少数几个主成分来揭示多个变量间的内部结构...
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DESeq2详细用法1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummarizedExperiment对象...
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遗传学 博士
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DESeq2的多组比较
DESeq2 multiple group comparison (biostars.org)[https://www.biostars.org/p/357464/]说来也神...
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理解并操作BAM文件经过了第四节的长文，我想大家基本上已经知道了一个WGS流程该如何构建起来了吧。但在那一节中限于篇幅有两个很重要的文件我没能展开来讲，分别是：BAM和VCF文件。这篇我们先说B...
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AnnotationForge包构建非模式物种Orgdb包通常在对物种做GO富集分析时，我们会遇到2种情况模式物种 & 非模式物种；针对模式物种专门的Orgdb包，但是目前针对模式物种的包只有20种,针对非模式职位另一种解决方案是通...
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使用AnnotationForge包自定义Orgdb包参考1：https://www.jianshu.com/p/68f7b663c5ff[https://www.jianshu.com/p/68f7b663c5ff]参考2：h...
