对基因启动子元件分析，可以用plantCARE进行分析，结果文件直接发送邮件：plantCARE链接：http://bioinformatics.psb.ugent.be/w...
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启动子元件分析后数据可视化 -
【单细胞】ggplot2美化monocle2轨迹展示结果前面测试过monocle2/3，但是在画图的时候，尤其是用默认软件画图的时候总是觉得不够好看。比如下面这个paper中的数据（https://pubmed.ncbi.nlm....
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hdWGCNA：单细胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[https://www.jianshu.com/p/9331eb5377d1] 单细胞WGCNA分析方法+随机森林[https://www.jian...
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monocle2 拟时间分支点分析结果解读How to map cell fate to branches? 拟时间分析结果有很多重要的结果，但是这些结果如何解读？比如下图的分支点分析结果： 从图中可以看到，行代表基...
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ComplexUpset---强大的Veen绘制包
ComplexUpset是非常强的Veen图绘制软件包，平时Veen的绘制最多能达到6个相交，而此包对于就是针对6个以及以上的交互所准备的。特此推荐，以下模板可直接套用。 一...
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RNA-seq 数据处理（二）StringTie 转录本组装StringTie 是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量软件。 本文只是个笔记记录，更详细的内容还是要看说明书。 StringTie: Transcript assem...
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使用R语言绘制热图：R包pheatmap的全参数详细介绍pheatmap参数： 网上有针对热图绘制的粗略讲解，但是都是参数不完整，可能不能满足所有人需求，于是手动整理了热图的全参数介绍。 mat 数组矩阵（要绘制热图的数据源，保证...
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技术 | 单细胞转录组测序之Smart-seq2Smart-seq2 Smart-seq是由路德维格癌症研究所的 Rickard Sandberg实验室[http://sandberg.cmb.ki.se/]所开发的一套在...
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单细胞ATAC分析标准流程（详细版）背景：单细胞ATAC分析流程介绍。 1.为什么做单细胞ATAC分析？ 单细胞转录组分析的是单细胞分辨率上不同细胞之间的转录组（mRNA）差异，由中心法则可以知道，生物发生的过...
