pheatmap参数： 网上有针对热图绘制的粗略讲解，但是都是参数不完整，可能不能满足所有人需求，于是手动整理了热图的全参数介绍。 mat 数组矩阵（要绘制热图的数据源，保证...
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使用R语言绘制热图：R包pheatmap的全参数详细介绍 -
技术 | 单细胞转录组测序之Smart-seq2Smart-seq2 Smart-seq是由路德维格癌症研究所的 Rickard Sandberg实验室[http://sandberg.cmb.ki.se/]所开发的一套在...
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单细胞ATAC分析标准流程（详细版）背景：单细胞ATAC分析流程介绍。 1.为什么做单细胞ATAC分析？ 单细胞转录组分析的是单细胞分辨率上不同细胞之间的转录组（mRNA）差异，由中心法则可以知道，生物发生的过...
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单细胞实战(6)：复现拟南芥单细胞文章中的数据（2）前言 之前对拟南芥单细胞测序的文献数据进行复现，数据结果有点微妙，接下来进行拟时间分析 分生组织伪时间分析 作者首先查看了分生组织相关基因（WOX5,PIN1,RGF3,PL...
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基因组基因复制的分类鉴定：DupGen-finder
参考：https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a[https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a] requi...
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【单细胞】scRNA-seq VS snRNA-seq题记：因为我们在准备烟草某些部位单细胞样品的时候，质量和活性总是比较低，所以对于比较难制备的样品，有的人推荐我们尝试一下snRNA-seq。就去了解了一下snRNA-seq。...
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单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程目录：1. 原理介绍2. 操作演示3. 关于Harmony操作是否会对差异分析产生影响 1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomic...
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R-Seurat单细胞数据分析流程Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]创建Seurat对象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
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2023-09-26（文献）Crop Design-综述:植物单细胞转录组学的最新进展2023年7月29日浙江大学樊龙江教授在Crop Design发表综述文章Recent progresses in plant single-cell transcripto...
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【单细胞】堆叠小提琴图展示marker基因前面学习过单细胞marker基因常见的展示图一般有：点图，气泡图，小提琴图等。但是经常面临的问题是多个marker基因的同时展示，大多数paper使用的是气泡图，今天我们来测...
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SCTransform：单细胞样本的标准化Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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我的生信自学心得分享
这是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 从2016年，我开始自学生物信息，那个时候，为了加深自己学习，所以就不间断的在网上分享我的学习笔记。 我有一个自己的博客，xu...
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R语言处理PCR数据，一步画柱状图、添加显著性标志并实现截断PCR数据要有三列，一列是组名，一列是内参基因的CT值，一列是目的基因的CT值，计算方法是-2∆∆Ct 法，实现一步出图用的是ggpubr，实现截断则是Y叔出手的ggbrea...
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ggplot绘图（气泡图）（一）你永远不知道你的小伙伴会有什么奇奇怪怪的要求，而这些要求能把作为一个菜鸟的你折腾得半死（/ o \）~~~~这篇文章就是Poesie无数次呕血后的干货总结，给自己留条后路（谁...
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R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)前言 使用 pheatmap 已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受 pheatmap 包的启发，ComplexHeatmap 提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热...
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物种内共线性圈图绘制，有那么难吗？写在前面 我受够了！整天有人问，TBtools怎么画这个图 但是我其实只想回一句： 你画这个图干什么？有什么意义？你想说谈什么生物学故事？ 承认吧，你什么都不知道，什么都没搞...
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【R画图学习19.1】直方图频率分布直方图，或者频数分布直方图，是一种用来可视化数据的分布情况的绘图，在生物医学领域应用广泛，比如展示高通量测序结果的测序读数分布等。 例如上面这个图展示的是两个定量蛋白...
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【R画图学习9.5】加入误差线的柱状图还是我们前两次的测试数据： library(ggplot2) data <- read.table("week.data.txt",header=T,sep="\t") he...
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【R画图学习9.2】双坐标轴柱线图今天我们学习画柱状图的另一个技巧，如何绘制双坐标系。一般情况下包含多组数据，还这多组数据的scale或者单位又不太一样，所以有时候就需要多坐标系来实现。 比如上面这张图，为了...
