半九十_52da

对基因启动子元件分析，可以用plantCARE进行分析，结果文件直接发送邮件：plantCARE链接：http://bioinformatics.psb.ugent.be/w...

半九十_52da

前面测试过monocle2/3，但是在画图的时候，尤其是用默认软件画图的时候总是觉得不够好看。比如下面这个paper中的数据（https://pubmed.ncbi.nlm....

半九十_52da

WGCNA原理和分析流程[https://www.jianshu.com/p/9331eb5377d1] 单细胞WGCNA分析方法+随机森林[https://www.jian...

半九十_52da

How to map cell fate to branches? 拟时间分析结果有很多重要的结果，但是这些结果如何解读？比如下图的分支点分析结果： 从图中可以看到，行代表基...

半九十_52da

ComplexUpset是非常强的Veen图绘制软件包，平时Veen的绘制最多能达到6个相交，而此包对于就是针对6个以及以上的交互所准备的。特此推荐，以下模板可直接套用。 一...

半九十_52da

StringTie 是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量软件。 本文只是个笔记记录，更详细的内容还是要看说明书。 StringTie: Transcript assem...

半九十_52da

pheatmap参数： 网上有针对热图绘制的粗略讲解，但是都是参数不完整，可能不能满足所有人需求，于是手动整理了热图的全参数介绍。 mat 数组矩阵（要绘制热图的数据源，保证...

半九十_52da

Smart-seq2 Smart-seq是由路德维格癌症研究所的 Rickard Sandberg实验室[http://sandberg.cmb.ki.se/]所开发的一套在...

半九十_52da

背景：单细胞ATAC分析流程介绍。 1.为什么做单细胞ATAC分析？ 单细胞转录组分析的是单细胞分辨率上不同细胞之间的转录组（mRNA）差异，由中心法则可以知道，生物发生的过...

半九十_52da

前言 之前对拟南芥单细胞测序的文献数据进行复现，数据结果有点微妙，接下来进行拟时间分析 分生组织伪时间分析 作者首先查看了分生组织相关基因（WOX5,PIN1,RGF3,PL...

半九十_52da

题记：因为我们在准备烟草某些部位单细胞样品的时候，质量和活性总是比较低，所以对于比较难制备的样品，有的人推荐我们尝试一下snRNA-seq。就去了解了一下snRNA-seq。...

半九十_52da

目录：1. 原理介绍2. 操作演示3. 关于Harmony操作是否会对差异分析产生影响 1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomic...

半九十_52da

Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]创建Seurat对象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...

半九十_52da

2023年7月29日浙江大学樊龙江教授在Crop Design发表综述文章Recent progresses in plant single-cell transcripto...

半九十_52da

前面学习过单细胞marker基因常见的展示图一般有：点图，气泡图，小提琴图等。但是经常面临的问题是多个marker基因的同时展示，大多数paper使用的是气泡图，今天我们来测...

半九十_52da

Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...