最近被要求更新一下NT数据库，然后踩了好多坑，想记录下来，避免以后再犯。 首先去官网上直接下载nt.fasta（wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih....
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更新NT数据库的二三事 -
braker2注释流程
一： 软件安装 由于BRAKER2: 依赖AUGUSTUS 3.3, GeneMark-EX 4.33, BAMTOOLS 2.5.1, NCBI BLAST+ 2.2.31...
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SnpEff：vcf注释软件安装及应用需要准备的内容: 环境：Linux 或 Ubuntu，已经安装openjdk 文件：通过 GATK 流程得到的变异或者 VCF 格式的文件 参考文件：对应基因组版本的 gff...
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群体进化选择消除分析要做选择性消除分析，首先就要把如下的理论记住熟记于心。 中性进化假说： 分子水平上，生物的演化或物种的进化并不是自然选择引起的，而是由中性/近中性的突变等位基因经过遗传漂变引...
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SNP calling及fst值的计算此处与云养江停的文章有略微差距 一.SNP calling 参照文章gvcf文件与vcf文件 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.c...
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使用vcftools计算 π 和 Fst 时的报错
命令如下： 报错如下： 查找出现警告的原因： 找到的答案是：vcftools不知道如何处理Description标记内的逗号。 如果在Description中删除该逗号，警告...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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blast与blast+使用（参数、输出文件格式）
一、BLAST+（NCBI发布于2009年） 下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATES...
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可以从fasta中提取基因序列的4款软件
前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求的软件，废话不多说了，直接来看...
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python3.7模块pyfaidx处理fasta文件
1.pyfaidx 官网 cite: Shirley MD, Ma Z, Pedersen B, Wheelan S. Efficient “pythonic” access...
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最全Bedtools使用说明--只看本文就够了1 Bedtools:一个强大的基因组算法工具集 Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集，它堪称是基因组分析工具中的瑞士军刀。Bedtools可以对基因...
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生信小工具: Bedtools使用教程(1)
最近要处理一些基因注释的文件，要用到bedtools这款经典的软件，在慢慢接触到这款软件才发现其功能的强大之处，在接下来的几个星期内将会大家一起入门并且学习掌握使用bedto...
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CNV calling | DELLY基于paired-end mapping methods 和 split-read analysis，检测结构变异。 写在前面 Delly is an integrated ...
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SV VCF格式的说明及转换不同的结构变异（structural variation，SV）鉴定工具鉴定出的VCF结果文件格式不尽相同，但也不是完全没有规律可循，主要的格式就有两种，分别是： BND n...
