BETA 网址: http://cistrome.dfci.harvard.edu/BETA/tutorial.html 功能介绍 数据准备： peak bed file d...
发简信
IP属地：湖北
-
「工具」使用BETA整合分析ATAC-seq/ChIP-seq和RNA-seq数据 -
CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析 自从周运来在简书写了一篇cellchat的中文介绍教程，然后R包作者也在B站做了直播介绍，cel...
-
使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组...
-
R 数据可视化 —— ggraph 图形创建与布局前言 在前面几节，我们对 igraph 进行了一些简单介绍。接下来我们要介绍的是 ggraph 包的使用 通常，ggraph 会和 tidygraph 一起搭配使用，这两个包...
-
ggplot堆叠图无缝拼接(自写一个简洁堆叠小提琴图函数）事情的起因是我要复现一个文章的堆叠小提琴图，只不过堆叠小提琴用的是Split小提琴图，不仅展示细胞中基因的表达，也将分组展示了。首先堆叠小提琴图Seurat VlnPlot函...
-
Nature：WGBS揭示最全正常人类细胞类型的综合DNA甲基化图谱DNA甲基化是一种基本的表观遗传标记，可以调控基因表达和染色质组装，从而为研究细胞身份和发育过程提供了重要视角。当前已有的数据集通常只包括部分甲基化位点，并且常常基于在培养过...
-
-
生信分析：两条件时间序列转录组的基因共表达网络前一篇推送为大家解读了2019年发表的PNAS文章，介绍了如何利用两组时间序列转录组数据构建特定的基因共表达网络以及利用这个网络可以得到哪些信息。 这一期推送聚焦于具体的分析...
-
可变剪切——可变剪接及其表观遗传调控
Original 表观遗传学习小组 Epigenetics表观遗传学 本文根据 2016 年 8 月复旦大学倪挺教授在「表观基因组学暑期国际讲习班」中的报告整理而成，本文采用...
