没看懂他这个要怎么做
SciBet:一个软件解决单细胞注释所有烦恼说在前面 对于单细胞数据分析流程来说，其中最重要的一步就是对各种细胞亚群进行准确的注释，因为后续的分析全部在这个基础上进行，一步出错步步错；而且注释出的细胞类型还会影响后续进...
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请问一下，ref数据和que数据可以在同一幅umap图里显示吗？想看看que里的被映射到了ref的哪一群
利用Seurat包Transfer数据集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09
关键词 FindTransferAnchors函数 TransferData函数 细胞类型注释 映射数据集/Transfer 数据集 适用背景 细胞注释的标准一直备受争议，就...
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@HCl2004 当然可以
CytoTRACE——拟时轨迹分析
什么是CytoTRACE CytoTRACE（使用基因计数和表达的细胞（Cyto）轨迹重建分析）是一种计算方法，可根据单细胞 RNA 测序数据预测细胞的相对分化状态。Cyto...
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请问已经按照这个方法上传了，只有一个PRJNA的号，在文章里写的GSE号如何获得呢
原始数据上传NCBI-转录组数据
经常碰到老师在文章接收过程中，编辑要求将原始数据上传NCBI，要是没有数据上传经验的不要慌，小编手把手教你如何快速上传数据至NCBI （一）NCBI账号：上传数据必须有自己的...
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请问一下用atac-seq数据能用rose来分析吗
ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)
在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c） 组蛋白修饰能预测染色质的类型（异...
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请问接下来就是对这个差异peak进行注释吗？这样才能和基因联系起来
如何提取ATAC-seq数据的差异peaks?（DiffBind包的使用）
2021年开年第一篇笔记~ 这篇笔记主要记录DiffBind包的学习。在很久以前我写过一篇ATAC-seq分析流程（ATAC-seq分析练习[https://www.jian...
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请问这个工具有文献出处吗？想看看原理
projectLSI：将你的单细胞或bulk转录组数据映射到参考数据集中
简介 在单细胞数据分析过程中，我们经常会遇到不同样本之间整合的批次效应和细胞类型注释的困难，projectLSI包利用term frequency–inverse docum...
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请问得到的结果怎么和基因名联系起来呢
第9篇：差异peaks分析——DiffBind
学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域 用PCA评估样本间的关系 评估不同工具得到的差异peaks的一致性 评估差异peaks富集的工具 ATAC-...
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请问寻找拟时轨迹差异基因，报错：Since R version 3.2.0, base's rbind() should work fine with S4 objects，是什么意思呢
单细胞之轨迹分析-3：monocle3
轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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2023-11-15 monocle3中更改细胞群的颜色
在做monocle3的最后需要在图中显示轨迹，会用到plot_cells这个函数，如 plot_cells(cds, label_groups_by_cluster = F,...
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如果想改plot_cell画出来每群细胞的颜色该怎么办呢
使用monocle3进行拟时序分析（从Seurat对象开始）2023-08-31
适用背景 单细胞转录组分析中如果涉及到发育或具有时间序列的细胞谱系，往往需要进行拟时序分析，而最最最常用的拟时序分析软件就是Monocle，如今它已经出到了第三个版本mono...
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2022-11-30 seurat如何复现文章数据
从文章中下载的数据往往是一个表达矩阵和metadata.txt，如何使用这两个数据呢？ 读入表达矩阵，创建seurat对象nature<-readRDS("counts.Rd...
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2022-11-30 一些比较杂的问题解决方法
1.在Python上用scanpy分析单细胞的时候，做到sc.pp.calculate_qc_metrics(adata, qc_vars=['mt'], percent_t...
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2022-11-30 error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'colSums': no ...
在seurat分析单细胞数据的时候，用了PercentageFeatureSet这个函数，报错了： Error in h(simpleError(msg, call)) :e...
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请问80万细胞在归一化那里，我的服务器是300G内存，运行一半就报错了，说是内存不足，请问80万细胞至少多少内存呢?
单细胞转录组流程三：超详细！Scanpy打通单细胞常规流程
有人可能会说：单细胞分析使用Seurat，monocle等R包会更加方便。但是实际分析中,测试情况是当细胞量大于5万时。一般小型服务器内存很容易不足，这时候请不要过多尝试使用...
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请问80万细胞在归一化那里，我的服务器是300G内存，运行一半就报错了，说是内存不足，请问80万细胞至少要多少内存
代码解读- scanpy.pp.normalize_total
作者：童蒙编辑：angelica scanpy代码解读来啦~ 单细胞分析第一步是对数据进行标准化，标准化的方法有很多，下面给大家解读一下scanpy的一个：函数为：scanp...
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请问80万细胞在归一化那里，我的服务器是300G内存，运行一半就报错了，说是内存不足，请问80万细胞至少要多少内存呢
scanpy分析单细胞数据
R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据（尤其是超过250k的细胞量），即使在服务器当中运行，Seura...
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2022-11-04 samtools sort: truncated file. Aborting
从文章里下的RNA-seq的数据分析，在做到sam转bam这一步时候报错，我先用的代码是samtools sort -O BAM -o d2_r1.sort.bam -@ 6...
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2022-10-11 Linux服务器搭建shiny-server
服务器版本：Centos7.8 1.root权限创建一个叫shiny的用户useradd shinypasswd shiny2.赋予shiny用户root权限chmod +w...
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请问如果我想切换R的版本该如何做呢
Shiny Server安装
#为什么要使用Shiny Server Shiny Server使用户可以在网络上托管和管理Shiny应用程序。Shiny是一个R包，运用反应式编程模型简化Web程序开发。S...