@钱多多多好运连连 awk 'print $1"\t"$4"\t"$5"' 只需要染色体号 起始和终止
2024-03-01 全基因组circos图到底怎么画---使用R包circlize。circos可以说是基因组文章必备的主图了。现在也有好多教程，先分别探讨下个人喜好点。 circos的软件。看官网的图，是不是非常酷炫。但是真正用好，研究明白会很痛苦。因为他...
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@麦田里的守望者_98a5 看你要做啥 个人觉得细胞质基因组适用。全基因组做了结果会很多不好总结 看你自己选取的物种类型吧
2024-11-07 Notung踩坑记录
2.9.1.5版本 貌似不需要修改基因树名字为gene_species格式了 也不需要修改物种名A_b为A-b，直接运行就可以？？？for i in ../Gene_Tree...
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@徒唤奈何_c5f0 但是很诡异的是 别的基因组来跑EDTA就会有40-60的结果 。不知道您刚提到这些软件合起来的结果会是多少
2024-07-26 关于基因组重复序列的分析
大致上可以分为两步：第一步是从情况不明（新）基因组中注释。第二步是优化和后续分析 一、注释重复序列在不同物种中含量不同，但是有TElib，比如 GyDB Intro - Gy...
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2024-12-19 perl模块 YAML:XS 安装踩坑记录
最近（也不算是最近），BRAKER注释已经更新到3了，难免会介意自己还在使用1.9版本。旧版本没什么毛病但是还是想要用最新版。大佬们对于braker的使用已经介绍的很清楚了，...
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2024-11-07 Notung踩坑记录
2.9.1.5版本 貌似不需要修改基因树名字为gene_species格式了 也不需要修改物种名A_b为A-b，直接运行就可以？？？for i in ../Gene_Tree...
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2024-07-26 关于基因组重复序列的分析
大致上可以分为两步：第一步是从情况不明（新）基因组中注释。第二步是优化和后续分析 一、注释重复序列在不同物种中含量不同，但是有TElib，比如 GyDB Intro - Gy...
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@云巅之上 那种很庞大的树我也没做过，不过我觉得还是一支一只做最后拼起来比较靠谱，如果进化距离太远了也不会有足够的单拷贝基因做树
2023-05-21运用多种软件使用单拷贝同源基因构建进化树
参考：利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/52c2b99615f...
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2024-03-01 全基因组circos图到底怎么画---使用R包circlize。
circos可以说是基因组文章必备的主图了。现在也有好多教程，先分别探讨下个人喜好点。 circos的软件。看官网的图，是不是非常酷炫。但是真正用好，研究明白会很痛苦。因为他...
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2024-02-01半年没写文章了...写个总结理清思路
最近在写文，其实写结论反倒是最简单的（这里的简单不是说传统意义上的简单，只是不麻烦，动脑子查查其他论文，实在不行扔给我导就行（并不）），我最讨厌的是把数据描述出来的最基础那块...
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怎么给共线性图按照不同染色体改线条的颜色呢
插件 | 超快！全基因组共线性分析
写在前面 伴随着越来越多的全基因组序列公布，比较基因组分析已然常规生信数据分析技能。MCScan 是最为常用的软件之一。久前，TBtools 已经将该软件打包，同时开放了一键...
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2023-07-06依据WGDI的使用，自己动手写一个小脚本（注：没写完 不好用）
参考来源如何用WGDI进行共线性分析(上) - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/a50548e81ac0]分析基因组共线...
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全基因组复制 WGD |（二）Ka/Ks及4Dtv值计算转自：https://www.jianshu.com/p/9d28de3d18e6[https://www.jianshu.com/p/9d28de3d18e6] 一、4Dt...
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2023-06-02在集群运行脚本时会遇到的一些报错
在集群运行脚本（python，perl，sh）时会遇到一些错误。总结一下，以防手忙脚乱。(更新中）很基础的，自己打字玩。 1. 明明已经安装了python的模块，运行的时候就...
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2023-05-23 augustus训练正在更新。英文是真的看不习惯。参考：使用MAKER进行基因注释(高级篇之AUGUSTUS模型训练） - 简书 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
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2023-05-23 wgd软件的安装。分析
参考使用wgd进行全基因组复制分析 - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/123875815]大神写过的我不赘述了。记录...
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2023-05-22比较基因组分析大致流程
1. 下机数据的质检，组装。基因组survey可以预测基因组大小。 （三代测序长，但不准，可以用二代协助组装。还可以测HiC进行染色体级别的组装。不同的测序手段选择不同的组装...
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2023-05-10组装基因组（数据来源：ONT测序和二代WGS）
初步大纲我三代数据量不多，只有30x，师姐说用二代补。她说先组装scaffold，然后polish，然后scaffolding，然后gapcloser。说实话 不是很懂为什么...
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2023-05-21运用多种软件使用单拷贝同源基因构建进化树参考：利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/52c2b99615f...