1、通过KEGGREST包来探索KEGG数据库的12大代谢通路 通过观察KEGG官网 ：https://www.genome.jp/kegg/pathway.html[htt...
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R获取KEGG/GO中某一通路所有基因 -
因为最终是cat打印到终端的，linux可以写个标准输出到文件中，R语言的话，建议改源代码，将其存为data.frame的形式
CORNAS：一种快速简单鉴定无重复转录组差异基因的方法
还记得上次文章的最后提到CORNAS这种方法吗？最近刚好在Github上看到了这个项目，就花了点时间看了下文档感觉操作也比较简单，这里记录一下使用过程，大家共同学习一下。 介...
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单细胞谱系分化高级算法2021.02.14今天收集了三个与谱系分化有关的单细胞高级算法：MAGIC（2018 Cell），PHATE（2019 NBT），Palantir（2019 NBT）。它们...
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利用贝叶斯的方法获得cell cluster的marker基因
理论 参考文章为：genesorteR[https://www.biorxiv.org/content/10.1101/676379v2.full]简单理解下，每个cell ...
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一只末流985生物
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利用Seurat包Transfer数据集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09关键词 FindTransferAnchors函数 TransferData函数 细胞类型注释 映射数据集/Transfer 数据集 适用背景 细胞注释的标准一直备受争议，就...
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不同物种可参考《Single-Cell Analyses Inform Mechanisms of Myeloid-Targeted Therapies in Colon Cancer》自行构建逻辑回归模型（弹性网络正则化）用于对齐不同的细胞类型
利用Seurat包Transfer数据集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09
关键词 FindTransferAnchors函数 TransferData函数 细胞类型注释 映射数据集/Transfer 数据集 适用背景 细胞注释的标准一直备受争议，就...
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https://github.com/satijalab/seurat/issues/3930 此问题的出现是由于细胞数过少产生的，IntegrateData运行过程中需要按照行或列取最小值生成一个对称的矩阵，默认是100。若细胞数小于100就会报错，将k.weight参数改为最小的细胞数就能成功运行了。
Error in idx[i, ] <- res[[i]][[1]] : number of items to replace is not a multiple of replacement ...
调整下参数就好了
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PLSDA是一种有监督的方法，可以用于计算两组差异的特征。用在这里比较不同样本的区别不太合适，还是得用pca
PLS-DA代替PCA试试降维效果？
最近有小伙伴问道PLS-DA（Partial least squares Discriminant Analysis，偏最小二乘判别分析），一种组学分析中常用的多变量分析方法...
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这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
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10X单细胞（10X空间转录组）巨噬细胞分析之M1/M2分型讨论
hello,大家好，周三了，一周又要过去了，时间真的是过得飞快，根本来不及反应，真的是一寸光阴一寸金，寸金难买寸光阴~~~ 今天分享一个小的知识点，单细胞关于巨噬细胞分析的常...
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使用ggplot2优化Seurat绘图单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] Seurat是分析单细胞数据一个非常好用的包，自带...
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好的谢谢🙏
Scissor：联合表型数据，Bulk-seq和scRNA的分析软件
前言 作者开发Scissor的目的是结合bulk-seq的数据，寻找与某一性状显著相关的单细胞亚群，然后从表型的角度解释这些细胞亚群的生物学意义。作者开发Scissor的动机...
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作者您好有个问题，这里的bulk数据和单细胞数据必须对应同一来源的样本是吗
Scissor：联合表型数据，Bulk-seq和scRNA的分析软件
前言 作者开发Scissor的目的是结合bulk-seq的数据，寻找与某一性状显著相关的单细胞亚群，然后从表型的角度解释这些细胞亚群的生物学意义。作者开发Scissor的动机...
