简介The liftOver tool is useful if you wish to convert a large number of coordinate range...
发简信
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liftover——不同基因组座位转换
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Zotero部署Deepseek，实现高效阅读文献（内附满血版Deepseek体验）自从Deepseek大爆后，瞬时掀起了一片AI潮，今天分享一下借助Deepseek通过Zotero高效阅读文献，事半功倍！ 开始之前，需要自行安装最新版本Zotero 7.0...
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2025-10-22基于重测序dCAPS标记开发之引物设计
1、获得vcf文件，找到两个差异材料（双亲）之前的多态性位点SNP。（1）SNP可以根据测序深度、基因型等进行过滤，测序深度异常（特别是过低的）位点直接过滤掉；（2）选择在两...
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蛋白结构分析：AlphaFold3预测及PyMOL比对一、预测MT原蛋白结构 访问AlphaFold3官网：打开网址https://alphafoldserver.com/[https://alphafoldserver.com...
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设计dCAPS标记及其酶切产物产物电泳区分的实验设计dCAPS标记及dCAPS标记酶切产物电泳实验 dCAPS标记的使用原理，如图A（参考NCBI）所示： 可以简单的理解为：在wild的片段中含有酶切位点，能被特异的切开，...
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@假如我重生了 就是tassel软件包脚本
格式转换--2024-03-23
格式转换hapmap格式：hmp.txtplink格式：ped和map以及二进制文件bed/bim/famvcf格式：vcf 1. hapmap <-> vcf hapm...
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曼哈顿图--R可视化曼哈顿图(Manhattan plot)是一种GWAS分析中常用的展示基因组数据的散点图。可以R语言中的qqman、CMplot及ggplot2三个包绘制曼哈顿图。 基于qq...
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格式转换--2024-03-23
格式转换hapmap格式：hmp.txtplink格式：ped和map以及二进制文件bed/bim/famvcf格式：vcf 1. hapmap <-> vcf hapm...
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R/qtl 定位分析（四）Non-normal phenotypes
前面介绍了 QTL 分析的一般流程：包括数据输入，数据质量检查，单 QTL 分析。对这个过程已经比较了解了。 R/qtl 定位分析（一）读取数据[https://www.ji...
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vcf 2 hammp 2024-03-18
第一步，利用GATK中 VariantsToTable 将vcf文件格式转化 第二步：使用如下R脚本将变量表转换为hapmap。 注意：仅仅在单倍体，双等位基因型SNP中得到...
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GWAS 分析 2024-03-17
概念 （1）GWAS： 全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择（MAS）或者基因定位。 （2）GWAS分析的两类性状： 分类性状（阈值性...
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vcftools使用2024-03-17
vcftools主要处理vcf/bcf文件，包括：过滤(filter) ；变异位点的基本统计；数据格式的转换；多个vcf文件的比较（compare files）；集合运算等。...
