富集分析 基因富集分析（gene set enrichment analysis）是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白。研究方法可分为三种：Over-Repress...
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关于功能富集分析的基础知识 -
看不懂测序峰图就好像有答案都不会抄
这篇文章的测序原理的部分本不在我的计划范围内，原本只是想回复一下之前部分读者关于套峰的问题，想着学习一下不同测序峰形的结果以及改进方法。某天晚上我打开华大基因的网页客户端，检...
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生物信息常用文件格式fastafasta格式是最基本的表示序列信息（核苷酸或者蛋白质）的格式。这里简单介绍下，fasta格式的文件通常后缀名为.fasta 或者.fa， 其实这都无所谓，因为都是...
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都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件[https://www.jianshu.com/p/a8d70b66794c]， 详细介绍了fastq-dump的用法...
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aspera 使用（简版）
系统：ubuntu 18.0 环境：miniconda3 软件安装：conda install -c hcc aspera-cli 下载数据： 通过SSH连接： ascp -...
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GO，KEGG，DO富集分析这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略.... 市面上公...
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统计 | 结合clusterProfiler理解GO富集分析OrgDb库 enrichGO默认gene type是entrezID，但其他OrgDb支持的类型（ENSEMBLE，SYMBOL等）都可以通过参数keyType指定。 ge...
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转录组学习八（功能富集分析）
转录组学习一（软件安装） 转录组学习二（数据下载） 转录组学习三（数据质控） 转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究） 转录组学习五（reads的比对与samtoo...
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KEGG pathway 注释整理
KEGG pathway 注释整理 获得KEGG注释 通过eggnog-mapper和interproscan两个软件(或数据库)，可以获得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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关于统信UOS或者Deepin20安装R-4.0.2
写在前面 如题，本文是针对使用uos系统（或者deepin）的一篇教程。 先说一下，本人已经使用deepin15、deepin20、uos有一段时间了，目前正在使用uos10...
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用conda安装R包前几天自己在Windows电脑上装了一个单细胞注释包-SingleR，尽管依赖包很多，安装时间很长，但最终还是成功安装上了。 但今天在服务器个人用户上尝试多次均失败：中间有一...
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RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
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featurecounts的使用说明官网：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文献参考：featureCounts: an efficient general purpos...
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测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...
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Multiqc（转录组分析之质量评估）
fastqc是一款基于java的软件，能够对测序数据的质量进行评估。一个样本生成一个报告，当样本量过多时，逐一查看样本质量就稍显不方便，multiqc是一个基于Python的...
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RNA-seq(1) :用conda安装RNA-seq所需要的工具
写在前面: 来自生信技能树《生信必修课之软件安装》学会用包管理工具安装软件 普通安装和配置，请看这篇Linux下bowtie2安装(非conda)和配置 注意 现在清华镜像源...
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RNA-seq分析：从软件安装到富集分析详细过程
RNA-seq分析简洁版[https://www.jianshu.com/p/72c871663e62],用重新下载的肝癌数据[https://www.ncbi.nlm.ni...
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RNA-seq数据分析工具详细介绍（从质量控制到可视化）
Methods and tools for RNA-seq-based co-expression network analysis 非常全面，从质量控制开始到最后都有介绍，...
