前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...
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单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay? -
基于R语言绘制坐标轴截断图画图时经常遇到不同组的数据大小相差很大，大数据就会掩盖小数据的变化规律，这时候可以对Y轴进行截断，从而可以在不同层面（大数据和小数据层面）全面反映数据变化情况，如下图所示。 ...
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ggplot2图例调成一列，终于找到了解决办法
有时图例较多，用ggplot2画图时候会出现图例占据图的半壁江山，想让图例排成一列，解决方法如下： guides(fill = guide_legend( ncol = 1,...
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你考虑过computeMatrix的工作原理么?写在前面的话 你既然点进来了，说明你多半用过这个软件。但我猜，大多数人早期使用这个软件的时候，一定是赶鸭子上架：因为要画图，所以必须会。 但你真的懂了么？ 太长不看系列 对于...
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【ChIP-seq 实战】一、数据分析流程组学分析之ChIP-Seq，蛋白质修饰。这里是佳奥，我们进入新一篇章的学习！ 首先根据生信技能树的课程思维导图简要列出实战分析的流程： sra-tools：下载测序数据 fa...
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【ChIP-seq 实战】二、软件安装和公共数据下载这里是佳奥！ 到了数据下载这一步，之前我都是在NCBI上直接用浏览器下载，不过有的数据寻找链接比较耗时，这一次开始我就使用sratoolkit来下载处理原始数据。 1 软件安...
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pheatmap行标签顺序大调整在科学论文中，我们经常要用到热图。我们在热图在单细胞数据分析中的应用比较系统地介绍了热图的一般规则。但是在实际操作中还是会遇到一些细节问题，如标签顺序。 我们知道一个好的热图...
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谢谢分享！
❤RSS指数及regulon细胞类型特异性
RSS特异性指数 继前一篇帖子[网络CSI评估基因关联性及regulon聚类模块化[https://mp.weixin.qq.com/s/p5c0ZcjmqCfLEUNP...
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RSS指数及regulon细胞类型特异性RSS特异性指数 继前一篇帖子[网络CSI评估基因关联性及regulon聚类模块化[https://mp.weixin.qq.com/s/p5c0ZcjmqCfLEUNP...
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pyscenic | 单细胞转录因子分析，原理图文详解pyscenic做为scenic的python版本，相比R版本实现了分析速度上的巨大提升，尤其是最耗时的共表达网络构建步骤。实测时间如下，数据集1 (4257 cell x ...
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单细胞 | pySCENIC·转录因子分析（一）SCENIC (Single-Cell rRegulatory Network Inference and Clustering）是一种能够从单细胞 RNA-seq 数据（S...
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R语言可视化11: (sc)RNAseq 数据可视化 - dittoSeqdittoSeq 是一款对单细胞和批量 RNA 测序数据进行分析和可视化的工具，提供了多种可视化效果，并且允许自定义。对于单细胞数据，dittoSeq 直接处理在其他软件包（...
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method='gsva'，方法还是用的gsva，没有用到ssgsea呀
TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）
测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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关于limma包contract martix上谁比谁的问题在进行数据分析时,limma作为一个功能十分强大的存在,而且3步（1.ImFit; 2.eBayes; 3.topTable）就能完成差异分析。但是在做差异分析的时候limm...
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seurat-AverageExpression()源码解析前段时间，一个单细胞分析同行提问，发现AverageExpression()和通过aggregate计算得到的基因表达均值，两者的结果是不一样的，疑惑问题出在哪里。 这个问题...
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热图去掉聚类树但是保留聚类
看到这个问题，你可能搜了好多答案，比如 热图如何去掉聚类树的同时保留聚类的顺序？ - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/e...
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单细胞转录组GSVA分析更新及可视化很久以前，我们在写单细胞分析的时候，就写过GSVA分析了，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis，能够分析基因集/通路的活性程度，具体的原...
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蜂群图，让组间基因表达值的比较更优雅（R教程）
在文献中，我们经常能够看到这样的散点图。例如，通过RNA-seq或qPCR比较特定基因在不同分组样本中的整体表达水平。 与其称它们为散点图，其实它们是有独自名字的—蜂群图。当...
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DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap绘制带特定基因的单细胞热图单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
