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单细胞系列课程-10 Trajectory inference analysis of scRNA-seq data -
单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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SUPPA2检测差异可变剪切
SUPPA2原理 假设我们已经了解了可变剪切类型:传送门[https://www.jianshu.com/p/9c0f837fcab4]，那么我们有许多检测可变剪切的软件，比...
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笔记：rmats绘图结果怎么看rmats是一款比较好的分析可变剪切的分析软件，将rmats分析的结果，利用rmats2sashimiplot绘画出的图也是比较漂亮的， 可变剪切事件： 可变剪切事件可以分为...
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密码子使用偏性的分析方法介绍DNA通过转录，控制着mRNA的合成，而mRNA是蛋白质合成的模板，它决定了蛋白质的序列结构、功能等信息。把mRNA看作一种语言，它由4种不同碱基的核苷酸组成（A、U、C、G...
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用简单的EM算法模型理解RSEM算法问题的描述 RSEM 是典型的基于转录本定量的方法，它的比对需要下载参考转录本的fa序列，与基因组比对不同，转录本比对往往是一个基因对应多个转录本序列，因此相同基因的不同转录...
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R语言中read.table函数不常见的用法-文本中有#注释符号
自从开始学习R语言，read.table是较早接触到的函数，因为要读取数据，也因为最开始学习数据分析是用“制表分隔符的txt”文件比较多，xlsm在linux系统中又不太合适...
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fastq格式文件及phred33的判断Fastq格式文件储存了生物序列的信息及其质量信息。以电脑中的一个文件的为例 1 格式说明 第一行：必须@开头，紧跟唯一的序列的ID标识符，后面可跟其他描述性内容，但序列ID...
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MAPQ 一定是255吗?不一定，不同开发者的定义不同。 早上爬楼看到这个问题： 各位有个基础问题我不是很明白，SAM文件中的MAPQ map质量等于255究竟是什么意思，网上查了好多，包括官网的解释...
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你可能不知道的基因组注释文件冷知识写在前面的废话 注释文件的格式已经被各种教程讲烂了，那我肯定不能这么俗套。所以咱们今天只谈风花雪月，不讲具体格式…… 搞NGS，注释文件是我们经常需要用到的。但是不同的实验室...
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python sklearn库实现多元线性回归模型的建立，并进行评估和调优1.数据集的导入以及自变量和因变量的选取 作为机器学习的入门知识点和模型，网上有很多sklearn库实现线性回归的例子。不过在这里我会从最开始的模型训练到最后的模型调优，统一...
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miRNA 靶向预测软件targetscan01.targetscan预测miRNA原理 TargetScan 基于序列互补原则，找到比对到靶 3'UTR 的保守性 8 mer、7 mer 或 6 mer 位点（see...
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2019-11-12 蛋白质组学数据中缺失值处理转发自http://crickcollege.com/news/170.html 有趣的小故事 美国作家Shel Silverstein有一篇经典的图画寓言---《缺失的一角...
