本章我们开始学习概率图模型，这里先做个简单的开篇。 概率图模型所涉及到的知识点非常广，所以对读者的基础知识要求也相对较高。通过学习概率图模型可以进一步巩固机器学习的相关知识储...
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SRA Toolkit安装以及配置流程先反思之前的问题： 之前下载了SRA数据后，进行分割，运行如下命令 /home/whu/program_and_files/sratookit.2.10.0/bin/fast...
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[译] 高斯混合模型 --- python教程本文翻译自https://jakevdp.github.io/PythonDataScienceHandbook/05.12-gaussian-mixtures.html 上...
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使用Pysam操作BAM文件
Pysam操作BAM文件 Pysam包是一个处理基因组数据的python模块，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能，...
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2020-11-06随笔
从现在到年底，完成两件事。 一是完成第一个创新点，并最近投出文章。 二是完成第二个创新点。 其实，文章早在7月份就写好了，由于疫情会议延期。最近被打了回来，chair说有两个...
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解析ABSOLUTE软件
简介ABSOLUTE ABSOLUTE是Broad研究所开发的一款癌症CNV分析软件，实质是一个R包，可以定量细胞的绝对拷贝数、肿瘤纯度与倍性，如果提供突变数据，还能探究克隆...
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分析ABSOLUTE数据结果
在解析ABSOLUTE软件一文中我简单介绍了ABSOLUTE软件，因为ABSOLUTE解的多样性，这篇文章主要聚焦于ABSOLUTE结果的解读，对象是结果图。 主要的参考资料...
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01 集成学习 - 概述、Bagging - 随机森林、袋外错误率这几章我们聊聊集成学习，集成学习算法是目前为止我们在相同特征条件下做特征工程时，建立模型评分和效果最好的算法。比之前讲过的线性回归、Logist回归、KNN、决策树的评分效果...
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用python做生物信息数据分析（2-pysam）写perl的思维，可能确实不能拿来学python。毕竟，python的裤子有很多。面向对象的语言，如果不好好穿裤子，怎么找对象？。手上要做的事情，需要解析sam，更或者bam...
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不就画个火山图吗？有那么难吗？写在前面 Emmm....课题组昨天开小组会了。基于博导的建议与提醒，我又开始跳下来看生物学问题。在当前课题的实验设计里面，我们总共有70个样品，于是我写了一个循环做了每个样...
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2019-07-20
我很伤心。 前些天，有朋友帮忙给学校的小猫找了领养 昨天把小猫交接到了新主人手上 昨天很开心，想着小猫终于有个归宿了，以后口粮或者生病打针什么都不愁了 然而，今天猫猫主人去上...
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2019-07-12 暑假工作第一天
一周前，姥爷病逝，回家一周，昨天晚上回到西安。 09:00到教研室，一边吃早饭一边愣神。确实，过去一周就像做梦一样。 记得回到家的那天下午，直接去了姥姥家。走到姥姥村口，眼泪...
