原因：R包不兼容 randomForestSRC包在 3.0.0 版本（及更新版本）中进行了重大更新，移除了 var.select 函数。但Mime 包是在旧版本环境下开发的...
IP属地：香港
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Mime1包中遇到Error in var.select的解决办法
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Srurat简单介绍标准的seurat流程可以这样进行，包括创建对象，标准化，寻找高突变特征，归一化，聚类等 ①创建 Seurat 对象 首先要明白 Seurat 对象的构成。Seurat 对象...
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Seurat官方教程3：使用Seurat分析、可视化和集成空间数据集思考：来自运来大佬的笔记(现在走的路都是大佬为我们铺好的路，要学会珍惜！) 如何将空间数据与表达数据关联在一起？ 有了空间转录组数据，如何与单细胞转录组数据联用？ 做了多层切...
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Seurat 4.3.0 | 数据集坐标映射一、数据集准备 参考数据集（reference ） 查询数据集（query ） 参考数据集和查询数据集整合之后的数据集（anchors） 建议数据集在使用前进行Normali...
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Seurat4.0系列教程15：映射和注释查询数据集单细胞参考映射简介 在此教程中，我们首先构建一个整合的参考集，然后演示如何利用此参考集来注释新的查询数据集。生成参考集可以参考该文[https://satijalab.org...
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超全总结--单细胞+空间转录组的整合分析方法总结这一篇我们做一个详细的总结，周五了，疫情还没结束，父母也都老了，有时候真的感觉身为儿子实在不孝，常年在外，回家很少，家里有点事父母也不会跟我这个儿子说，小病小灾的也舍不得去医...
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ChIP-seq（二）Visualization可视化Visualization Convert bam to BigWig 1. bam to bedGraph：bedGraph存放区间的坐标轴信息和相关评分的文件，一共...
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单细胞Marker基因可示化包Nebulosa与传统的转录组测序相比，单细胞测序技术噪声很大，使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件（导致基因表达量为0或接近0），即使是一些标记（Marker）基因也有可能表达...
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NCS质感图表：Seurat单细胞DotPlot函数基因表达气泡图修饰关于单细胞气泡图的做法，我们写过很多很多，但是这些图基本上都是利用Seurat提取了数据，然后在ggplot2中完成的。因为Seurat包中的DotPlot函数的底层就是gg...
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Seurat 提取亚细胞群并画出给定基因列表的Dotplot图
Seurat 提取亚细胞群并画出给定基因列表的Dotplot图 代码如下： scale.min max影响圆圈显示大小 上下限cols = c("yellow","red")...
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Seurat小提琴图为什么有的只有点儿？作为一个生物信息工程师，看到这样的图，请解释。 为什么CD14+ Mono和 Memory CD4 T 有怎么多的点，却没有小提琴呢？ 那， 我们要看看作图细节了。 可惜并...
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R Seurat subset 报错 Errors "No cells found"参考: https://github.com/satijalab/seurat/issues/1511[https://github.com/satijalab/seurat...
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seurat-AverageExpression()源码解析前段时间，一个单细胞分析同行提问，发现AverageExpression()和通过aggregate计算得到的基因表达均值，两者的结果是不一样的，疑惑问题出在哪里。 这个问题...
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CIBERSORT：反卷积推测bulk中的细胞类型五一学了一个新的分析方法-CIBERSORT，这个包其实很早就想学的，因为现在一般的单细胞文章的套路，很难不用到它，那么它能干什么呢？它能够推测出bulk RNA每一个样本中...
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Seurat查看不同亚群的高表达基因排行（AverageExpression）2022-06-01
适用背景 虽然单细胞绝大多数时候都关注差异表达基因（DEG），但在分析中途会发现有些奇奇怪怪的基因会在所有细胞中都高表达，所以这篇文章才写了下面这个函数ave_top，用于选...
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学习笔记harmony原理：Harmony需要输入低维空间的坐标值（embedding），一般使用PCA的降维结果。 这是一种将细胞投射到共享嵌入中的算法，其中细胞按细胞类型而不是特定于数据集的条...
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应该是上传就分开
TCGA 拷贝数变异（CNV）–使用maftools读取和汇总gistic输出文件（三）
读取和汇总gistic输出文件 maftools : Summarize, Analyze and Visualize MAF Files[https://rdrr.io/b...
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TCGA 拷贝数变异（CNV）数据整理（一）
zhuang_gj 3月-09-2021 从TCGA下载Masked Copy Number Segment 数据-----解压后进行处理 marker file数据下载和处...
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estimate 包所有函数超详细解读及计算免疫浸润评分estimate包可以通过RNA-seq的数据来计算标本的免疫及机制评分，进而评估肿瘤的纯度，其原理通过特征的肿瘤的RNA-seq的signture来评估以上内容，其输入文件...