转座是一类可以在基因组中移动位置的 DNA 片段，又被称为“跳跃基因”. 它们最早是 20 世纪 40 年代 Barbara McClintock 在玉米上发现的——带有转座...
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可移动原件--转座transposition---耐药毒力基因的转移 -
副流感病毒（HPIV）基因测序分型：从探针捕获到基因型分析副流感病毒 HPIVs 基因组全长约为15.4~17.3 kb，不同血清型HPIVs基因组长度的差异主要来源于非编码区序列长度的差异。 HPIVs基因组从3′到5′端依次编码...
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诺如病毒选择什么方法进行基因组测序？如何分型后期会在B站上更新视频！ 诺如病毒（Norovirus）属杯状病毒科（Caliciviridae），正链单股RNA，基因组长度约 7.5–7.7 kb，带多聚腺苷尾（poly...
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基因测序系统进化树，有几个SNP 才可以判断同源？
Ai基因测序 尽管已有众多案例表明WGS在病原菌分型与溯源中的优势，但在实际应用中依旧面临着众多挑战。例如，目前尚缺乏国际通用的细菌基因组数据采集与分析的标准化流程，尤其是学...
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评价病原微生物耐药基因与药敏实验（耐药表型）之间的相关性--Kappa系数耐药基因我们常将耐药基因制作成一张热图，看某一种微生物是否含有此耐药基因。总会有一种想法，我们是否完全通过基因测序就能够预测该病原的耐药性呢？（如果能实现的话一定是通过人工智...
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耐药基因的获得与热图构建最近刚好写了一篇关于耐药基因相关分析的常规文章，分享一下最近的经验，方便大家借鉴参考我使用的是card,conda 安装abricate工具，写了个脚本，对60个菌株fast...
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病原微生物基因测序后的物种鉴定每次基因测序下机后似乎工作就已经完成了，但是我这次测的对不对呢？我有没有把样本的顺序弄错了（我相信只要不是全自动的仪器，大家肯定都犯过错，因为有人类的地方，就会有错误，但是错...
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NCBI 介绍以及参考基因组SRA数据下载大全NCBI中常用到的数据功能：1.下载参考基因组 2.下载相关测序数据，构建进化树 1.下载参考基因组 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dataset...
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NextClade --病毒分析分型利器大家肯定都听说过新冠病毒分型，像什么包括阿尔法、贝塔、德尔塔、奥密克戎变异株BA.2.12和BA.2.12.1。。。。这些分型是怎么来的？ 基因组序列的差异通过比对不同病毒株...
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生物信息流程构建--Nextflow介绍Nextflow Nextflow 由 Paolo Di Tommaso 于 2013 年开发，他是一位计算生物学家和软件工程师。当时 Paolo Di Tommaso 在巴...
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window下的全能生信分析利器--Docker Desktop初体验--window系统下使用SPAdes进行基因组组装docker相较于conda做生信分析有很多优势，尤其是在生信流程的搭建，多系统的支持移植性。但Docker学习难度有点高，需要花时间来学习。对于小白来说，初次安装肯定是很困...
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window下的全能生信分析利器----Docker介绍很多人肯定很苦恼，自己的电脑是window系统，很多生信软件不支持window系统，这种情况下只能利用虚拟机装一个完整的Linux系统，虚拟机又很吃系统资源，今天给大家介绍一...
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初识Linux操作系统--生物信息软件的家。为什么生信软件大多在Linux下运行1. 什么是Linux操作系统？ Linux是一种开源的操作系统，最初由Linus Torvalds于1991年发布。与其他操作系统（如Windows和macOS）不同，Li...
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病原微生物测序怎么看同源性？溯源的原理是什么？思路 第一步你们的核苷酸有多相似（初步判断） 拿到病原微生物基因测序的结果,先从宏观上可以看一下他们的相似性--盲人摸象，给了你一个大肠杆菌的基因组和一个金黄色葡萄球菌的基因...
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霍乱弧菌-基因结构 以及 测序分析相关最近有点忙，更新的较少 今天主要介绍霍乱弧菌基本特点以及基因结构以及NGS测序后续分析方法 先看下霍乱弧菌的生物学分类： 域（Domain）：细菌域（Bacteria） 界（...
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记一次数据分析--基因的聚类分析溯源--进化树构建接着上一个视屏讲，很多人说代码的输出结果看不懂，今天详细聊一下 今天选择了11个沙门菌进行聚类分析，最终构建进化树 聚类(Cluster)分析顾名思义就是指将研究的对象进行分...
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chatgpt人工智能在生信分析方面的应用--编写代码进行多样本分析，以及生物流程搭建人工智能在代码编写方面已经有很大的编写能力，我就把自己的一些使用分享给大家（chatgpt使用需要tizi，最后放了chatgpt镜像） 推荐大家使用kimi(国产的人工智能...
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如何获取参考基因组和基因注释？NCBI，genbank,refseq,GCA GCF这些傻傻分不清楚？1.参考基因组,基因注释之间的关系 参考基因组是指完成了测序和组装的完整基因组序列,常写在fasta文件中(后面我们聚类分析需要用到参考基因组) 但这些fasta文件简直就是...