测完基因为什么还要“种一棵树”？——从SNP到系统发育， 病原基因组学中的系统发育树，到底应该怎么看？ 做细菌、病毒全基因组测序时，有一张图几乎绕不开：系统发育树。沙门菌、大...
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一文看懂基因测序进化树
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27岁博主因“东方伊蒙菌感染”离世：这种罕见真菌究竟是什么
从一则真实事件，认识东方伊蒙菌与真菌感染疾病谱 近日，一位27岁爱心博主因“播散性东方伊蒙菌感染，继发噬血细胞综合征”在ICU抢救22天后离世，引发公众对罕见真菌感染的关注。...
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手里有50株沙门菌全基因组，除了SNP树和耐药基因，还能写什么论文？图1这篇文章真正想回答的不是“还能跑什么软件”，而是“还能提出什么问题” 开场：全基因组都测了，为什么文章还是像一份检测报告？ 如果我手里真有50株沙门菌全基因组，我不会第一...
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RNA浓度怎么测？一文看懂 Invitrogen Qubit 的原理与完整操作流程——以 Qubit RNA HS Assay Kit + Qubit 4 Fluorometer 为例 图1Invitrogen Qubit RNA 定量：从原理到实操本文示...
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从俄罗斯“疑似鼠疫”事件，看鼠疫耶尔森菌的进化、毒力与风险资料更新至：2026年10月82026年10月初，俄罗斯伊尔库茨克一家防鼠疫研究机构的工作人员因严重肺炎死亡。因为死者所在机构长期从事鼠疫等危险病原体研究，事件很快被外界与“...
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HIV艾滋病毒基因组序列数据库去哪里下载？—— LANL**、****NCBI Virus / GenBank与Stanford HIVDB**使用实战 自己的HIV序列已经测出来了，下一步往往不是马上建树，而是先找...
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非O1/O139霍乱弧菌如何确定血清型？需要霍乱弧菌基因组数据库数据的后台联系我 ——通过全基因组测序进行 O 血清群预测 本文重点如果一株霍乱弧菌与 O1、O139 诊断血清均不凝集，下一步怎样利用基因测序判断它...
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腹泻病毒基因测序怎么做？从一代测序到二代测序：Sanger、扩增子NGS、宏基因组、靶向富集与平铺扩增 做腹泻病毒检测时，实时荧光PCR可以告诉我们“有没有这种病毒”，但如果进一步追问“它是什么基因...
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可移动原件--转座transposition---耐药毒力基因的转移转座是一类可以在基因组中移动位置的 DNA 片段，又被称为“跳跃基因”. 它们最早是 20 世纪 40 年代 Barbara McClintock 在玉米上发现的——带有转座...
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副流感病毒（HPIV）基因测序分型：从探针捕获到基因型分析副流感病毒 HPIVs 基因组全长约为15.4~17.3 kb，不同血清型HPIVs基因组长度的差异主要来源于非编码区序列长度的差异。 HPIVs基因组从3′到5′端依次编码...
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诺如病毒选择什么方法进行基因组测序？如何分型后期会在B站上更新视频！ 诺如病毒（Norovirus）属杯状病毒科（Caliciviridae），正链单股RNA，基因组长度约 7.5–7.7 kb，带多聚腺苷尾（poly...
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基因测序系统进化树，有几个SNP 才可以判断同源？
Ai基因测序 尽管已有众多案例表明WGS在病原菌分型与溯源中的优势，但在实际应用中依旧面临着众多挑战。例如，目前尚缺乏国际通用的细菌基因组数据采集与分析的标准化流程，尤其是学...
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评价病原微生物耐药基因与药敏实验（耐药表型）之间的相关性--Kappa系数耐药基因我们常将耐药基因制作成一张热图，看某一种微生物是否含有此耐药基因。总会有一种想法，我们是否完全通过基因测序就能够预测该病原的耐药性呢？（如果能实现的话一定是通过人工智...
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耐药基因的获得与热图构建最近刚好写了一篇关于耐药基因相关分析的常规文章，分享一下最近的经验，方便大家借鉴参考我使用的是card,conda 安装abricate工具，写了个脚本，对60个菌株fast...
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病原微生物基因测序后的物种鉴定每次基因测序下机后似乎工作就已经完成了，但是我这次测的对不对呢？我有没有把样本的顺序弄错了（我相信只要不是全自动的仪器，大家肯定都犯过错，因为有人类的地方，就会有错误，但是错...
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NCBI 介绍以及参考基因组SRA数据下载大全NCBI中常用到的数据功能：1.下载参考基因组 2.下载相关测序数据，构建进化树 1.下载参考基因组 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dataset...
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NextClade --病毒分析分型利器大家肯定都听说过新冠病毒分型，像什么包括阿尔法、贝塔、德尔塔、奥密克戎变异株BA.2.12和BA.2.12.1。。。。这些分型是怎么来的？ 基因组序列的差异通过比对不同病毒株...
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生物信息流程构建--Nextflow介绍Nextflow Nextflow 由 Paolo Di Tommaso 于 2013 年开发，他是一位计算生物学家和软件工程师。当时 Paolo Di Tommaso 在巴...
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window下的全能生信分析利器--Docker Desktop初体验--window系统下使用SPAdes进行基因组组装docker相较于conda做生信分析有很多优势，尤其是在生信流程的搭建，多系统的支持移植性。但Docker学习难度有点高，需要花时间来学习。对于小白来说，初次安装肯定是很困...