作者，追风少年i 周三了，好好学习，天天搬砖，人生没有倒带，前进才是真理 接上一篇，10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析[http...
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10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet多条件差异通讯 -
10X单细胞（10X空间转录组）空间相关性分析和cellphoneDB与NicheNet联合进行细胞通讯分析
hello，大家好，随着10X单细胞、10X空间转录组如火如荼的进行中，我们的分析内容和手段也要进入深水区了，很多深入和细节的分析需要我们格外注意了，今天我们来分享两个非常好...
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这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
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升级新版本的R软件后对旧版本的R包进行升级
s升级新版本的R包以后，通过复制粘贴library文件夹可以将旧版本的包全部转移到新的R版本里，但是存在就版本的R包无法兼容新版本的问题，只能一个一个进行升级，利用下面的代码...
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单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞GSEA分析需要的文件有两个：1. 单细胞基因表达变化数据（两列，一列是geneid/gene symbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2. 目标基因集（...
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不看私信<br>看不到的文章是被简书锁了
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单细胞测序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现
时代的洪流奔涌而至，单细胞技术也从旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家。雪崩的时候，没有一片雪花是无辜的，你我也从素不相识，到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹...
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宝藏R包：TCGA的转录组数据挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的时候看到了一个宝藏R包，写包简化了芯片数据下游分析之后，我正想着写转录组下游分析的简化版，就看到了它。用起来~ 0.R包和数据准备 这里使用的是作者给的示...
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RNAseq分析（5）：差异分析工具 GDCRNATools 安装及测试前言 GDCRNATools 是一个用于下载、整理和综合分析GDC中IncRNA、mRNA和miRNA数据的R/Bioconductor包。主要功能包括：差异基因分析、生存分...
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ce-RNA研究套路-如何印paper参考学习资料：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/14/2515/4917355之前看了技能树的系列推文和曾...
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两个检验给ceRNA锦上添花前面提到过gdcRNAtools里面的ceRNA网络构建 构建鉴定ceRNA的标准有4个：（1）lncRNA和mRNA之间共享的miRNA数量；（2）lncRNA与mRNA的...
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折腾了许久才复现出的WGCNA图-GSE106292你值得拥有
前些天老大布置了WGCNA的作业：下载GSE106292 数据集的 Excel表格如何读入R里面，做出作者文章中那样的图，但是分组很复杂，需要去文章中找细节内容，老大jimm...
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WGCNA学习：WGCNA分析原理本教程根据PlantTech的WGCNA课程编写，课程还是不错的，所以将该课程给大家分享一下。 WGCNA笔记第一弹 WGCNA分析原理 WGCNA应用场景 WGCNA分析实...
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小鬼的WGCNA图文详解(五)-GS 与MM的关联还是老习惯，给出官网教程，至于你是看还是不看，它就在那里，等着你的深入研究～ https://horvath.genetics.ucla.edu/html/Coexpress...
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STEP6:WGCNA相关性分析因为样本数量比较可观，所以可以进行WGCNA分析。这里是并不需要选取所有的基因来做WGCNA分析，挑选的标准可以是top变异程度大的基因集合，或者显著差异表达的基因集合等等。...
