miniconda 的安装
- 检查自己的服务器是多少位的，在清华镜像中下载对应版本的miniconda,安装时安装在linux的对应目录biosoft中，下载命令使用wget;
- 下载完成后，用bash命令安装miniconda;
ps:sh就是脚本文件的后缀 - 安装后激活:
source ~/.bashrc - 输入conda检查是否安装成功；
- 添加镜像；
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
miniconda 的使用
- 查看当前服务器上安装的所有软件
conda list - 安装软件
conda install fastqc -y
-y 是默认安装过程中所有询问都是yes - 确认是否安装成功
fastq --help - 卸载软件
conda remove fastqc -y
conda环境
conda环境就是设置几个不同的软件队伍，每个队伍中的软件版本是不一样的，为的是应对不同处理需要不同的软件版本。
- 查看已经存在的conda环境
conda info --envs - 建立一个名字叫做rna-seq的conda环境，python版本是3，安装fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y - 再次查看从conda环境
conda info --envs - 激活conda环境
conda activate rna-seq
若要退出conda环境，conda deactivate
