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蛋白质互作网络可以帮助我们探索基因家族与哪些蛋白相互作用，挖掘出丰富的信息。不仅限于基因家族，差异表达基因、免疫、胁迫、药物响应相关基因等，都能通过PPI分析发现许多有趣的故...

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火山图（Volcano Plot）是一种常用于生物学、医学和基因组学等领域的数据可视化方法，特别是在差异表达分析中。它通过横坐标和纵坐标来展示每个基因的变化情况，使我们可以一...

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今天学习这个吧~ 1、准备所要用的包和工具 2、数据处理 3、绘制基础图 4、润色图片 生物信息学领域非常广泛，难以一次说尽。我们下次继续更新，一起深入学习生物信息学的内容！...

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最近在用一款R包geneviewer，很不错分享给大家。 许多朋友私信询问如何绘制基因簇和转录本。在此，我推荐使用 geneviewer，这是一款专门用于绘制基因簇和转录本的...

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今天给大家分享一个Nature同款曼哈顿图 模仿的是：Fig. 2: Manhattan plot and spatial mapping of the associatio...

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学习GSEA富集分析图 1、基因集富集分析（GSEA，Gene Set Enrichment Analysis）的结果通常由以下三个部分组成： 富集分数（Enrichment...

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多序列比对（Multiple Sequence Alignment，简称 MSA）大家应该都不陌生了吧！这是用于比较多个序列相似性和差异性的常用分析方法。 在 Linux 系...

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学习GO富集分析 一、准备 如果想安装动物的数据库可以用OrgDB数据库，其中包含了19个模式物种对应的全基因组注释R包，方便直接根据物种基因ID进行GO，KEGG注释分析等...

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跑一遍 一、数据准备和读取 拟南芥数据 二、数据处理 三、可视化 1、气泡图 2、柱形图 今天就不介绍图形了，就跑个完整代码~下次出专门介绍各种图的。 生物信息学领域非常广泛...

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一、力导向布局（Force-directed Layout）： 力导向布局可以通过模拟物理力（例如斥力和引力）来摆放节点，使得相互作用较强的蛋白质会被拉得更近，反之则相隔更远...

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SNP密度图是一种常用的遗传学数据可视化工具，主要用于直观展示单核苷酸多态性（SNP）在基因组上的分布密度。 通过该图，研究者可以有效地分析SNP在不同染色体或基因组区域的分...

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一、文献 WGCNA（Weighted Gene Co-expression Network Analysis，加权基因共表达网络分析）是一种用于挖掘高维基因表达数据的系统生...

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这是我看别人数据画的，比一般的火山图好看，那我们用上次的数据试一下。 1、上代码，简单处理一下数据即可绘图 2、出图（代码正常运行，数据自己调整啦~） 3、完毕 生物信息学领...

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在生物学和植物学研究中，地图作为展示物种分布、分析生态环境关系以及追踪动态变化的重要工具，具有不可或缺的作用。 通过地图，研究人员能够直观地呈现植物物种的地理分布范围，深入探...

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有的 R 包可能要求一个更高版本的 R 才能安装或正常工作，所以先安装或者更新R，来更轻松地安装并使用最新的 R 包。 一、 1. 更新 R 到更高版本 ① 在 Ubuntu...

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第1节 测序技术 全基因组测序的英文是Whole Genome Sequencing，简称WGS，目前默认指的是人类的全基因组测序。 所谓全（Whole），指的就是把物种细胞...

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第2节 FASTA和FASTQ 其实之前有写过，FASTA和FASTQ 的部分内容。在本次就更详细地介绍一下。 首先，FASTA 和 FASTQ 是存储核苷酸序列信息（即 D...

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第3节 数据质控 一、正式流程的搭建，整个完整的流程分为以下6部分： ① 原始测序数据 fastq 的质控 QC； ② read比对，排序和去除重复序列； ③ Indel区域...