最近在做一个SCENIC 下游的分析，看到了一个叫CSI（Connection specificity index）的东西，大概的原理就是利用AUC的分数通过pearson相...
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无知者无畏
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无知者无畏
最近在做一个SCENIC 下游的分析，看到了一个叫CSI（Connection specificity index）的东西，大概的原理就是利用AUC的分数通过pearson相...
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2019-08-20 【三代测序】有参转录组注释评估软件 MatchAnnot
matchAnnot iso-seq注释软件 https://github.com/TomSkelly/MatchAnnot MatchAnnot is a python ...
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pacbio 三代全长转录组数据分析流程Iso-seq基础概念，转载自https://blog.csdn.net/weixin_34384681/article/details/85937505[https://b...
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Chicdiff使用Capture Hi-C 是一种检测至少在一端涉及感兴趣的 DNA 区域，如基因启动子染色体相互作用的有效方法。 Chicdiff，是一个用于捕获 Hi-C 数据中差分相互作...
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基于barcode拆分二代序列
为了节约成本，研究者们通常会把多个样品混在一个文库，并给不同样品加上一段 Barcode 序列。在后续的生物信息分析中，根据 Barcode 序列即可将不同样品的序列拆分开来...
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主要分享一些自己的学习过程，以菜鸟干货为主，大家有问题可以在我的博客交流(打赏也是)<br><br>
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BUSCO 评估基因组组装质量和完整性工具使用BUSCO是Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（通用单拷贝同源基因基准）的缩写，基于基因进化（有参比对）评估基因组组装和...
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跟着NC做基因组数据分析本期内容为[跟着NC做基因组数据分析]，这是你需要的教程，对你一定有帮助。 前言今天花费找文章，看到一篇关于基因组，组装的文章，主要是里面的图吸引了我的关注。后面仔细一看，作...
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GSAman | 目标染色体区间的快速基因结构注释前述，IGV-GSAman 的功能已经更新七七八八，基本可以满足绝大多数情况下的基因结构注释矫正工作需要。不过，我最近带娃比较多，这些时候做不了事情，也只能想一些旁门左道。大...
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基因组结构注释软件列表
基因组结构注释主要包括三个方面：从头注释（de novo prediction）、同源注释（homology-based prediction）以及基于转录组数据注释（tra...
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偶尔更新，需要沉淀
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请问您知道如何合并多个样本的 cuteSV 的结果吗？
cuteSV鉴定SV
一款用于鉴定三代长reads（HiFi, ONT, CLR）的软件。经作者检验，其准确度高于pbsv, svim, sniffles。 安装 简单使用 当然，对于不同类型的l...
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2021-评估不同软件组合检测ONT数据中germline SV的表现
1.Bolognini, D. & Magi, A. Evaluation of Germline Structural Variant Calling Methods fo...
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如何在遗传病SV中“万里挑一”
作者：大行山审稿：童蒙编辑：angelica 引言 三代测序技术的发展，为人类基因组结构变异检测带来了新机遇，是时候借助三代技术这股春风，发掘遗传病里的潜在致病因子——基因组...
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在脚本里面调用conda创建的环境
事情源于，我在写脚本的时候，在脚本里面插入了一句 conda activate 环境名, 然后出现如下的报错提示 conda认为我没有初始化环境，我脚本是在bash环境下运行...
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生信地基系列--bedpe格式
BEDPE 格式类似于 BED 格式，可用于描述成对的基因组区域。由于bed文件原则上不能表示跨染色体的信息，因此，对于结构变异，一般采用的一种基于bed文件的变种文件bed...
