安装Signac包后发现无法使用read10X_h5函数，缺少hdf5r包install.packages("hdf5r") 后遇到error:global.h:23:10:...
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解决conda环境中R包hdf5r编译失败的问题
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R语言：更改R包安装路径1.R Studio- Tools -Global Options，General Basic中有R的基本信息，可以从这里看到（记不清了的）R的安装路径 2.在路径里找到 e...
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R语言小需求：更改R包安装路径，给C盘释压C盘是系统盘，我们都知道能不把软件装在C盘就不装在C盘，之前用R语言跑过一些代码，一直记着这个需求，今天抽空花一点时间把这个需求满足了。 ①Step 1 任意目录下新建一个R...
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十一步带你解构GEO分析常规流程（一）PDAC数据分析-GSE16515-GPL570 致读者语：本人接下来的九篇GEO解析文章将基于此，不断进行迭代，尝试让核心步骤、让图文与让结构更加美观,让读者与自身更能直击...
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使用Rstudio下载GEO芯片数据学习GEO芯片数据下载时踩了各种坑。记录如下：跟从老师讲解，尝试使用GEOquery下载： 报错。下载龟速，且报错 Timeout of 60 seconds was rea...
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据ngs.plot 主要用于可视化基因组功能区域的高通量测序结果。 #1. ngs.plot 优点 已整理的注释数据：17个物种(21套基因组)，涉及功能原件有： Gene，E...
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分析菌群基因水平转移的信息学工具-MetaCHIP文章介绍 1| 标题：MetaCHIP: community-level horizontal gene transfer identification through th...
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cBioportal中文教程使用cBioPortal进行复杂的癌症基因组和临床profiles整合分析（Y大宽原创，转载需要说明） 主要来自于doi:10.1158/2159-8290.CD-12-00...
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MACS2 进行peak calling整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 MACS2 是一款常用的peak calling软件，可以鉴定ChIP-...
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Q20与Q30是什么
在分析高通量测序数据的时候，我们会对Q20/Q30不陌生。那么Q20/Q30是什么意思呢？又是怎么来的呢？ Q20，Q30它们代表的是某一碱基质量值占全部碱基数的百分比，就类...
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单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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04.单细胞亚群注释
根据前述教程，我们已经完成了Seurat对象的构建-质控-降维-聚类。最终得到了细胞的分群如下： 那么接下来我们就要对得到的分群进行细胞类型的注释。 细胞类型的注释是根据每个...
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听说你的单细胞对象需要一个思维导图？在我们分析单细胞数据的时候，需要想象力的一点就是要理解数据结构，基于此有位老几还写了一篇为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据。里面列出了常见的单细胞数据对象的结构。 平时我...
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R语言中字符串的处理(2/3)-分割、提取、替换
本文转自微信公众号: 一遇之见 的 大作 R中字符串处理：函数实现[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI3NzY0MzkzOQ==&mid...
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
