随着测序技术的进步，染色质免疫沉淀技术被广泛用于研究全基因组蛋白-DNA互作。macs 基于一种新的模型可以很好的识别转录因子结合位点。macs 可以直接应用于ChIP-Se...
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MACS2 Call Peak 参数详细学习
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最近不常登陆简书，若评论问题没有及时回复，可以发邮件交流 bioinfortime@163.com
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R语言-三线表全自动绘制
{gtsummary}使用tbl_summary（）汇总数据 并排回归模型 您还可以使用tbl_merge（）呈现并排回归模型结果 library(survival)#>Wa...
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R语言：超强的Table-2代码---绘制任意数据的单因素合并多因素Cox回归三线表！欢迎大家关注我的公众号：一只勤奋的科研喵[http://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__biz=Mzg2MjU2NDQwMg==&hid=2&s...
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如何获取旧版本的Bioconductor包
以一个旧版本的 org.Mm.eg.db 包为例。在Bioconductor的包存档页面，所有的包都按照版本进行了分类。 以下是获取过程： 访问 Bioconductor 包...
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截断五式第三式：简单易用这次说下比较简单易用的共计X-tile，这个应该是耶鲁大学开发出的小工作，直白百度搜按照就可以，数据集我导出了myeloma这个数据集，还是看TP53和最终生存结局状态的关系...
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【避坑】R报错 lazy-load database is corrupt文章很短，你扫一眼就看完了。 今天尝试复现词云图的时候，需要用到R包tm（Text Mining），死活装不上，无奈打算使出杀手锏——安装R包的二进制版本。 没想到在我lib...
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分享一个装 R 包出错案例
错误可能比较罕见，分享出来也许有人也遇到呢，就起作用了。 需要的依赖系统已经安装，所以按照提示进行手动设置 LIB_DIR 路径。 用 apt-file 寻找文件路径，如果是...
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R包安装失败并出现“ had non-zero exit status”报错解决办法
问题描述：R包安装中出现诸如“non-zero exit status”情况的报错信息，虽然退出R后再library中手动删除R包，但是仍然无法奏效。笔者参考以下两篇文章问题...
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Seurat提速——并行化（future包）2022-06-07关键词 Parallelization in Seurat Seurat 并行化 Seurat 加快运行速度 Seurat 并行运算 Seurat 提高效率 Seurat 加...
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基于Jupyter的Python和R环境搭建简介 Jupyter是个支持多语言的开源交互式开发环境，便于分步执行和显示结果，也十分利于展示。在数据分析、机器学习和教学等领域有着广泛的应用。而作为生物信息学的研究者，我们...
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seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
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生信地基系列--MACS3 Call peaks随着测序技术的改进，染色质免疫沉淀后的高通量测序（ChIP-Seq）在研究全基因组蛋白质-DNA相互作用方面越来越流行。为了解决缺乏强大的ChIP-Seq分析方法的问题，我们...
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2021-04-29 TCGA与GTEX数据下载数据库背景介绍 TCGA，全称：The cancer genome altas官网：https://cancergenome.nih.gov/[https://cancerg...
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第3篇：用MACS2软件call peaks学习目标： 学会用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的结果 Peak Calling Peak calling即利用计算的方法找出ChIP...
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scRNA-Seq | 单细胞亚群合并与提取本文涉及：亚群合并，亚群提取，亚群细分，亚群抽样 一般来讲，不同亚群的细胞具有不同的功能，因此亚群分析对于研究十分重要，会影响后续分析结果。 进行细胞亚群的分群的依据： 细胞...
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11.ggplot2——色阶与图例（二）11.3 离散色阶 离散颜色和填充出现在许多情况下。一个典型的例子是一个条形图，它将位置和填充都编码为相同的变量。 离散颜色的默认方法是scale_fill_discrete...
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ArchR-To-Signac 转换：拓展单细胞ATAC分析引言 本博客旨在详细展示如何将 ArchR 项目中的数据转换为 Signac 格式对象，为下游单细胞 ATAC-seq 数据分析提供支持。主要通过 六个简短的代码块 系统性说...
