IP属地：湖北
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单细胞分析：marker鉴定（11）导读 前面我们已经确定了我们想要的簇，我们可以继续进行标记识别，这将使我们能够验证某些簇的身份并帮助推测任何未知簇的身份。 1. 学习目标 学会确定单个簇的marker 学会...
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如何不使用 plot_pseudotime_heatmap画出热图？首先要明白 plot_pseudotime_heatmap的原理，先调出它的源代码 根据上述代码，总结起来就是，plot_pseudotime_heatmap=matrix+...
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monocle3系列之五：差异基因分析
monocle中有两种差异分析模型： Regression analysis: using fit_models(), you can evaluate whether ea...
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单细胞数据分析笔记5: 拟时序分析（monocle2)拟时序（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况通过拟时分析可以来推断发育过程细胞的分化轨迹...
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clusterProfiler挑选背景集做GO富集
我们一般在利用clusterProfiler做GO富集的时候，往往都是默认用全部基因集去当背景集去做的，由于富集分析的假设检验利用的是fisher检验，传送门：fisher检...
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计算生物学、统计学、机器学习<br>
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GO和Pathway富集分析的背景基因集
功能(GO)或者通路(Pathway)富集分析时，都会涉及到 Background; 做分析时，分析工具会提供一些数据供使用者选择或者使用自定义的gene list。 例如，...
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浅浅的学习历程<br>生信新手，打工人，搬运工。<br>像王子文一样财务自由，才可实现生育自由<br>像李子柒一样把一件事情做到极致，才可实现职业自由
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Metascape 专门为生物学者设计的基因富集分析网站
一、Metascape简介 Metascape（http://metascape.org/[http://metascape.org/]） 是一个功能强大的基因功能注释分析工...
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Metascape写在前面，有做广告的嫌疑，哈哈，2019.4刚发表的，不过貌似每发表之前引用率超高，貌似专门针对david，不过david真的过时了，这个网站也是直接输入基因列表，其他都不需...
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使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（三）：Single-cell accessibility trajectories
往期精选 使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（...
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使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（二）：Constructing cis-regulatory networks
往期精选 使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（...
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使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（一）：Cicero introduction and installation
往期精选 使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（...
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scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...
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学习一遍ChIPseeker的使用刘小泽写于2020.5.23-24Y叔的原文在：https://mp.weixin.qq.com/s/3CMj0xejiV-FSMC-Vxd_-w 0 ChIPseeker的...
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无痛从seurat迁移到monocle3（UMAP seurat cluster）
注意，这里使用的seurat对象要求已经run过runUMAMP()findCluster等函数，否则也没有必要把seurat的结果弄到monocle3的cds对象里 1. ...
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生物信息学常见数据格式1. fasta fasta 是一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式。其中核酸或氨基酸均以单个字母来表示，且允许在序列前添加序列名及注释。 特征：2部分--id行和序...
