作者,Evil Genius~~ 空间转录组的运用方向:转录、蛋白 ST最适合回答三种生物问题:首先可以阐明组织的细胞类型组成;第二类问题与细胞相互作用有关;最后可以帮助阐明...
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@单细胞空间交响乐 rctd_tier2 <- t(RCTD@results$results_df)
dim(rctd_tier2) # 9 4968 #
dim(metadata) # 4969 44
因为前面t()转置了,它们的行数都不一样,怎么join呀?
课程补充----单细胞空间联合分析之RCTD封装版(针对visium、bin模式的Stereo-seq、HD)作者,Evil Genius 关于RCTD,本来都不打算更新了,R版本的联合分析我觉得大家自己写写就完了,现在看来,还是需要整理一下。 文章在Robust decomposi...
@单细胞空间交响乐 麻烦请问下,metadata = cortex_sp@meta.data 这样吗?
dim(metadata) #4969 13
colnames(metadata ) # "orig.ident" "nCount_Spatial" "nFeature_Spatial" "first_type" "second_type" "first_class" "second_class" "min_score"
"singlet_score" "conv_all" "conv_doublet".
这里的metadata没有 row_id这一列,如何合并呢?如何在后面的Join with meta_data using row_id as the key呢?
cluster_summary_pat <- rctd_tier2 %>%
as.data.frame() %>%
rownames_to_column("row_id") %>%
left_join(metadata, by = "row_id")
课程补充----单细胞空间联合分析之RCTD封装版(针对visium、bin模式的Stereo-seq、HD)作者,Evil Genius 关于RCTD,本来都不打算更新了,R版本的联合分析我觉得大家自己写写就完了,现在看来,还是需要整理一下。 文章在Robust decomposi...
left_join(metadata, by = "row_id") 这这里,metadata前后文没有出现过,metadata长什么样?metadata怎么有row_id这列的?拿来left_join
课程补充----单细胞空间联合分析之RCTD封装版(针对visium、bin模式的Stereo-seq、HD)作者,Evil Genius 关于RCTD,本来都不打算更新了,R版本的联合分析我觉得大家自己写写就完了,现在看来,还是需要整理一下。 文章在Robust decomposi...
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