前段时间，发表了一篇叶绿体基因组比较分析文章。尽管这类套路文已经不再热门，但在准备数据分析的过程中，仍感各种资料教程之零散，各种文章的做图工具也是令人眼花缭乱。故此，列出个人...
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一文讲完叶绿体基因组比较分析的全部软件和配套ggplot绘图脚本 -
计算叶绿体基因组LSC/IR/SSC的GC含量我这里使用python和biopython，关于python和Biopython的安装可以参考我的B站视频 https://www.bilibili.com/video/BV...
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REPuter注释叶绿体重复序列REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPu...
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【比较基因组】从进化树到分化时间虽然不是学生物或者医学的，但是听了很多生命科学的报告。关于生命的起源、进化——从个体到宇宙，生命是如何从无到有，又如何实现了现在的千姿百态——是生命科学数百年来一直在研究的问...
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叶绿体注释工具CPGAVAS2今天分享一篇叶绿体注释工具CPGAVAS2的教程，该教程来自公众号“生信药丸”，原文教程链接：零基础教程 | CPGAVAS2 快速，准确的叶绿体注释工具（附保姆级教程）[h...
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教程 | 使用 CPGAVAS2 进行叶绿体基因组注释写在前面 前述，介绍了使用 GetOrganelle 软件进行植物叶绿体基因组组装。测试了下软件，130个样品，直接成环的有76个。手动调整了参数，除了 10 个左右的样品外...
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生信实习--系统发育树构建序列导入到Mega软件 1）打开Mega软件，界面如下 2）导入需要构建系统发育树的目的序列 3）序列比对分析 4）系统发育分析 构建系统进化树 1）NJ法 2）MP法 3）...
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【叶绿体基因组】注释校正与tbl文件的生成叶绿体基因组注释是非常重要的一步，注释的合理与否直接影响后续分析的正确性，例如密码子偏好性分析、选择压力分析等等。 STEP 1 获取初始的GB注释文件 使用GeSeq进行注...
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iqtree+ggtree绘制进化树教程写在前面 最近，自己在绘制进化树的分析，那么自己也总结一下相关的教程吧。对于进化树绘制的教程全网依旧是很多的。自己作为初学者，也是根据这些教程来学习，来做分析。做物种或基因的...
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叶绿体基因组Pi分析（Nucleotide diversity）叶绿体基因组Pi分析（Nucleotide diversity） 今天主要分享绘制这一张图需要做的工作。 1. 准备正确注释的gb文件（自己注释以及NCBI上下载的想比较分析...
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叶绿体基因组 四分体结构鉴定B站视频[https://www.bilibili.com/video/BV1xw411e775/] 序列获取 getorganelle和Spades等组装软件，得到的fas...
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iTOL | 进化树在线制作美化工具一、基本操作 1. 使用界面 可以注册后使用，点击upload即可上传树文件 2. 基本操作 右侧controls负责对进化树进行修改： basic：主要负责修改树的造型、分...
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系统进化树简介及构建系统进化树学习笔记。 系统进化树简介 系统进化树（Phylogenetic tree）：用一种类似树状分支图形来概括各节点之间的进化关系，节点可以是不同物种、同一物种不同样本...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用极大似然法构建进化树
写在前面 我知道IQ-tree已经有很长一段时间了。不过我一直并没有使用它。主要原因是，常用的快速构建ML树的软件是FastTree，如果要求准确，我会在服务器上使用RaxM...
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比较基因组学分析1：构建单拷贝基因树比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
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phylosuite提取叶绿体蛋白编码基因构建Ml树1.利用phylosuite软件根据NCBI号提取genbank格式的序列文件 file--input file...or ID(s) ---在input by IDs 处粘...
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phylosuite软件使用1.目的 使用phylosuite软件完成叶绿体基因组CDS与全长系统发育的基因矩阵准备。本教程针对的是windows版本的phylosuite使用。 2.使用 2.1导入数...
