从拿到第一份单细胞测序数据开始，恍然过了四年多；距汤神发表第一篇单细胞文章已经过去近十五年了。这些年里，单细胞领域发生的变化已经太多太多。最直观的变化：19年底我做的单细胞转...
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我做单细胞的这几年
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科研绘图模板之小提琴分面图小提琴分面图（Violin plot）是一种用于展示和比较数据分布的可视化图形。它类似于箱线图，但提供了更多关于数据分布密度的信息。小提琴图的核心是小提琴形状，这种形状是通过...
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少走点单细胞的弯路经常收到粉丝反馈，自己报了几千块的培训班，结果还不如我挂在B站的视频，怎么说呢，想学单细胞的同学可以先看看我的视频，反正是免费看的，为什么不刷刷呢： 离最开始做单细系列课程已...
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R-Seurat VlnPlot 添加显著性标注新年好啊 :) 最近使用Seurat画小提琴图时想将组间的p值给标上，发现Seurat的VlnPlot并没有参数直接支持这个功能。本文就记录一下解决的方案。 Data pre...
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FindAllMarkers, FindMarkers 以及 FindConservedMarkers 的区别
在seurat中，如果运行了RunUMAP或者RunTSNE后自动分群后，FindAllMarkers和FindMarkers基本就是一样的；如果没有进行RunUMAP或者R...
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H3K4甲基化（H3K4me3）在生物学和疾病中的作用表观遗传修饰，包括组蛋白的翻译后修饰，与转录调控密切相关。三甲基化的H3赖氨酸4（H3K4me3）是最受研究的组蛋白修饰之一，因为它在转录起始位点的富集以及与基因表达和决定细...
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单细胞测序做到啥程度能毕业|博士篇相较于单细胞测序本身而言，毕业显然是各位更关注的问题，"单细胞测序做到啥程度能毕业"这个问题总是在我的脑海中挥之不去，此前我们已经整理了硕士篇的内容：单细胞测序做到什么程度能...
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R语言基础| 广义线性模型12.1 广义线性模型(Generalized Linear Model)和glm()函数 前面学到的OLS回归和方差分析仅适用于因变量符合正态分布的数据，广义线性模型则可以...
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重生之我在剑桥大学学习单细胞RNA-seq分析——5. scRNA-seq数据的基本质量控制 (QC) 和探索（6）5.6 处理混杂因素5.6.1 简介在上一章中，我们根据文库大小进行了标准化，有效地将其作为混杂因素去除。现在，我们将从数据中去除其他定义不太明确的混杂因素。技术混杂因素（又...
