近日，中科院分子细胞科学卓越创新中心童明汉研究员，复旦大学生物医学研究院蓝斐教授、北京大学汤富酬教授团队共同合作，在国际学术期刊《Cell Research》上发表题为“SE...
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Cell Res/IF25.9：童明汉/蓝斐/汤富酬合作利用ChIP-seq及多组学分析揭示精子发生的表观遗传调控机制 -
hicexplorer 报错"`np.object` was a deprecated alias for the builtin `object`."在跑任务的时候又遇到报错，hicAggregateContacts命令行报错 气急败坏之下惯性使用chatgpt, 显示需要降numpy版本. 索性试一试: 安装完成之后报错...
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Bismark:Failed to close filehandle AMBIG报错内容 原作者回答 To a) I think this is just a warning message about closing file handles, you...
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R 包 methylKit 排错R 包 methylKit(GitHub - al2na/methylKit: R package for DNA methylation analysis[https://...
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coolpuppy报错原因
昨天在使用plotpup.py 画 hic 的热图时遇到问题，反复试了两个多小时. 报错如下: 百思不得其解. 后面意识到这个软件对格式都有严格的要求. 例如bedpe文件就...
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@小明的生信笔记 你好，我在GitHub上看到这个https://github.com/stjude/ROSE/issues/31. 希望有帮助
super-enhancer神器ROSE的使用
ROSE是大名鼎鼎的Richard A.Young实验室开发的，全称是RANK ORDERING OF SUPER ENHANCERS，用来找增强子和超级增强子。 ROSE安...
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Gephi 的简单使用下载.这个是免费软件，直接去官网下载 https://gephi.org/[https://gephi.org/]. 下载完成之后打开软件，准备好输入文件(edges 边文件...
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跟着Nature Microbiology学作图 （一）| 系统发育树绘制一边学习，一边总结，一边分享！ 引言 我们前面分享了NM的文章和代码（组学绘图代码分享，作者提供全部图的绘制代码，你还不动手收藏呢？[https://mp.weixin.qq...
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单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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科研绘图模板之小提琴分面图小提琴分面图（Violin plot）是一种用于展示和比较数据分布的可视化图形。它类似于箱线图，但提供了更多关于数据分布密度的信息。小提琴图的核心是小提琴形状，这种形状是通过...
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R-Seurat VlnPlot 添加显著性标注新年好啊 :) 最近使用Seurat画小提琴图时想将组间的p值给标上，发现Seurat的VlnPlot并没有参数直接支持这个功能。本文就记录一下解决的方案。 Data pre...
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FindAllMarkers, FindMarkers 以及 FindConservedMarkers 的区别
在seurat中，如果运行了RunUMAP或者RunTSNE后自动分群后，FindAllMarkers和FindMarkers基本就是一样的；如果没有进行RunUMAP或者R...
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H3K4甲基化（H3K4me3）在生物学和疾病中的作用表观遗传修饰，包括组蛋白的翻译后修饰，与转录调控密切相关。三甲基化的H3赖氨酸4（H3K4me3）是最受研究的组蛋白修饰之一，因为它在转录起始位点的富集以及与基因表达和决定细...
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@Cherrieg 感谢指导!
重生之我在剑桥大学学习单细胞RNA-seq分析——6. 生物学分析（2）
6.2 聚类示例 为了说明scRNA-seq数据的聚类，我们使用发育中的小鼠胚胎细胞的Deng数据集（Deng等，2014）。我们已经预处理了数据集并创建了一个SingleC...