表观遗传修饰，包括组蛋白的翻译后修饰，与转录调控密切相关。三甲基化的H3赖氨酸4（H3K4me3）是最受研究的组蛋白修饰之一，因为它在转录起始位点的富集以及与基因表达和决定细...
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H3K4甲基化（H3K4me3）在生物学和疾病中的作用 -
单细胞测序做到啥程度能毕业|博士篇相较于单细胞测序本身而言，毕业显然是各位更关注的问题，"单细胞测序做到啥程度能毕业"这个问题总是在我的脑海中挥之不去，此前我们已经整理了硕士篇的内容：单细胞测序做到什么程度能...
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R语言基础| 广义线性模型12.1 广义线性模型(Generalized Linear Model)和glm()函数 前面学到的OLS回归和方差分析仅适用于因变量符合正态分布的数据，广义线性模型则可以...
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@Cherrieg 感谢指导!
重生之我在剑桥大学学习单细胞RNA-seq分析——6. 生物学分析（2）
6.2 聚类示例 为了说明scRNA-seq数据的聚类，我们使用发育中的小鼠胚胎细胞的Deng数据集（Deng等，2014）。我们已经预处理了数据集并创建了一个SingleC...
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非常棒和清晰的内容，感谢博主! 请问一下您有推荐的单细胞注释的教程吗?
重生之我在剑桥大学学习单细胞RNA-seq分析——6. 生物学分析（2）
6.2 聚类示例 为了说明scRNA-seq数据的聚类，我们使用发育中的小鼠胚胎细胞的Deng数据集（Deng等，2014）。我们已经预处理了数据集并创建了一个SingleC...
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重生之我在剑桥大学学习单细胞RNA-seq分析——5. scRNA-seq数据的基本质量控制 (QC) 和探索（6）5.6 处理混杂因素5.6.1 简介在上一章中，我们根据文库大小进行了标准化，有效地将其作为混杂因素去除。现在，我们将从数据中去除其他定义不太明确的混杂因素。技术混杂因素（又...
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R语言基础| 功效分析写在前面 R语言在进行统计分析和数据处理方面具有多种优势，在R语言中进行功效分析（power analysis）同样很方便，R环境中有pwr、powerAnalysis、si...
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收藏几个单细胞可视化包好看的图当然会锦上添花，单细胞美化的包很多，也各有特色，不妨收藏几个，方便以后事半功倍地画出漂亮的图。 scplotter[https://pwwang.github.io/...
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配置一个心仪的工作站(硬件+环境配置)一、写在前面 人生苦短，为了加快我分析单细胞与空间转录组的速度，新配了一台工作站具体配置大家可以参考下面这张配置表和机箱照片。我这套配置的费用在2w+ 如果你的计算机不足以支...
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Nanopore-ONT：基因组组装
零、前言 （1）ONT：Oxford Nanopore Technologies（牛津纳米孔测序） （2）初始组装经过基因组纠错（polish）以及去冗余（purge）之后，...
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genesorteR——比FindAllMarkers快一百倍！不知道大家有没有在使用Seurat的FindAllMarkers时常常觉得计算时间过长，人生苦短，等待的时间真的很煎熬。genesorteR是一个用于单细胞数据分析的R软件包...
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富集的物种不是人咋整啊1.ID转换 首先是要转换ID,拟南芥是要TAIR id来做富集分析。怎么知道的呢？ 如果拿ENTRIZID来做，会收到这样式的报错信息： 那我们就知道应该用AT开头的ID了...
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跨越三十年的《Cell》与《Nature》, 终成诺奖一、撒花~ 2024年的诺贝尔生理学或医学奖被授予Victor Ambros与Gary Ruvkun，获此殊荣主要是因为这两位科学家在基因调控方面的研究贡献[1]。人体内的遗...
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AutoHIC 自动纠正HiC挂载结果
相关成果发表在NAR，Zijie Jiang, Zhixiang Peng, Zhaoyuan Wei, Jiahe Sun, Yongjiang Luo, Lingzi B...
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ChIP+一些基础实验能发到NC, 非常厉害👍
易基因： Nat Commun：中南大学曾朝阳/熊炜/龚朝建团队利用ChIP-seq等揭示头颈鳞癌免疫逃逸机制
免疫逃逸是癌症进展的关键里程碑，是肿瘤免疫治疗的理论基础。头颈部鳞状细胞癌（(head and neck squamous cell carcinoma, HNSCC)）是全...
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R-Seurat V5 to H5AD
最近想将单细胞数据从Seurat转换到H5AD格式，但发现Seurat V5直接转换会报错。这里记录一下解决的方案。 直接转换会报错 Error in assay.group...
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Nat Med.作者提供全文的绘图代码，对于学习作图很有帮助（一）本期教程 获得本期教程全文代码：在订阅号后台回复关键词：20240923 2022年教程总汇 2023年教程总汇 引言 今天分享的文章是2024发表在Nat Med.期刊中，...