转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ，调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...
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scRNA-Seq | SCENIC 推断基因调控网络和细胞类型 -
scRNA-Seq | 单细胞功能注释和富集分析(GO、KEGG、GSEA)一、多个亚群各自marker基因联合进行GO以及KEGG分析 在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的 marker 基因，接下来我们对这些marker基因进行功能注释和富集分析...
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ArchR官网教程学习笔记11:鉴定Marker峰系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：Getting Started with ArchR[https://www.jianshu.com/p/a2bcdfb77961]A...
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题主更推荐哪种方法呢？
Seurat中FindMarker寻找两个cell type差异基因的若干方法
加载示例数据 1.运行Seurat 2.差异分析计算logFC值 其中：对象 cells cells包括两种cell type的细胞barcodes（即每一个单独的细胞）对象...
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Seurat中FindMarker寻找两个cell type差异基因的若干方法加载示例数据 1.运行Seurat 2.差异分析计算logFC值 其中：对象 cells cells包括两种cell type的细胞barcodes（即每一个单独的细胞）对象...
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10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之NMF寻找转录programshello，大家好，今天我们分享的内容来自文章Spatially organized multicellular immune hubs in human colorecta...
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scCustomize：自定义可视化你的单细胞数据（二）简介 scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等...
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10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之CellChathello，大家好，今天我们来分享一下细胞通讯的文章CellChat，其实有关这个软件已经有了很多的文章来介绍了，2020年的6月份我和Cellchat的作者聊过一次，当时感...
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iTALK---单细胞受配体互作分析及可视化（详细版教程）今天我们说一说另外一种---iTALK，iTALK也在很多文章中出现过，原理是基于受配体平均表达量。它有两个优点，第一是可以比较差异受配体，第二是可视化比较好，我们可以借用借...
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R可视化之ComplexHeatmap【一】：颜色、标题、聚类特别声明：本部分（系列）内容均来自顾祖光博士对ComplexHeatmap的介绍，仅为学习交流，尊重原创。 闲话少说，先说顾老师：顾祖光老师[https://github.c...
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单细胞3'文库和5'文库的区别单细胞测序方法和原理系列： 1. 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[https://www.jianshu.com/p/6c5d...
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10X空间转录组解析肠道区域及损伤和修复动态hello，又是周一，新的开始，今天我们继续分享10X空间转录组的分析内容，而今天主要的内容就是借助空间技术解析肠道的损伤和修复动态，其中用到了大家熟知的NMF[https:...
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Seurat官方教程 | pbmc3k_tutorial最新版Compiled: March 18, 2021 来源：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html[...
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文献(5): 单细胞转录组揭示人类纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性一句话评价：小样本量单细胞转录组在冷门疾病领域应用前景尚可，常规套路也能发NC 1. Title 标题可以看出本研究的主要内容：①构建成纤维细胞的图谱/揭示成纤维细胞的异质性...
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利用Seurat包Transfer数据集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09关键词 FindTransferAnchors函数 TransferData函数 细胞类型注释 映射数据集/Transfer 数据集 适用背景 细胞注释的标准一直备受争议，就...
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Violin Plot (ggpubr)
小提琴图与箱形图相似，不同之处在于它也显示了数据在不同值处的概率密度 带有误差线的小提琴图 Example 参考链接：https://rpkgs.datanovia.com/...
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Seurat的三种单细胞数据整合方法汇总（批次校正）2022-05-24
关键词 批次效应 批次校正 单细胞数据整合 适用背景 单细胞数据由于实验平台或样本等原因会造成不同数据集之间存在批次效应，这种批次效应是人为因素造成的，没有实际的生物学意义，...
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SCTransform：单细胞样本的标准化Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...
