在单细胞数据分析中,在确定细胞类型后,除了可以进行差异表达基因分析外,还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析,这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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前言 在生发中心(Germinal Center,GC)形成的过程中,滤泡辅助性T(T follicular helper,Tfh)细胞承担着重要的角色。最初,科学家们基于其...
参考学习资料:https://yulab-smu.github.io/clusterProfiler-book/index.html网红教授的一本书第四章 Chapter 4...
T 细胞(全部):CD3+ Naive T cell: CD3, CD4, CCR7, CD62L+, IL-7R (CD127), THPOK Tef(效应T细胞): 辅助...
2020-05-26 图1给了我们分析的完整过程,图2,3,4是分析的具体过程。 我们输入到GSVA文件中的表达数据,行为基因名,列为样本名。 第一步是根据输入的表达数据按照...
适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一,本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程,具体原理和内容不展开,主要展示代码复现流程。R的SCE...
AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集(如gene signature,gene module)的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
最近学习了如何用Perl脚本来分析数据,这里简单做一个复盘和归纳。 1. 提取某一列中的特定行 参考基因组文件在RNA-seq上游数据分析比对时必不可少,可以从各大数据库中获...
SCENIC:Single Cell rEgulatory Network Inference and Clustering 目前支持分析的物种:人、鼠、果蝇 input的要...