在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
IP属地：上海
-
Seurat取子集时会用到的函数和方法 -
重大进展：Tfh细胞也有前体细胞啦前言 在生发中心（Germinal Center，GC）形成的过程中，滤泡辅助性T（T follicular helper，Tfh)细胞承担着重要的角色。最初，科学家们基于其...
-
2020-02-27 clusterProfiler富集分析之疾病富集
参考学习资料：https://yulab-smu.github.io/clusterProfiler-book/index.html网红教授的一本书第四章 Chapter 4...
-
【单细胞转录组】人类T细胞亚群分析Marker基因汇总T 细胞（全部）：CD3+ Naive T cell: CD3, CD4, CCR7, CD62L+, IL-7R (CD127), THPOK Tef（效应T细胞）： 辅助...
-
GSVA算法部分2020-05-26 图1给了我们分析的完整过程，图2,3,4是分析的具体过程。 我们输入到GSVA文件中的表达数据，行为基因名，列为样本名。 第一步是根据输入的表达数据按照...
-
四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...
-
AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
-
利用Perl脚本分析RNA-seq上游数据最近学习了如何用Perl脚本来分析数据，这里简单做一个复盘和归纳。 1. 提取某一列中的特定行 参考基因组文件在RNA-seq上游数据分析比对时必不可少，可以从各大数据库中获...
-
R包SCENIC:安装
SCENIC:Single Cell rEgulatory Network Inference and Clustering 目前支持分析的物种：人、鼠、果蝇 input的要...
-
infercnv Error in `ScaleData()`: ! No layer matching pattern 'data' found. Please run NormalizeDa...
原因 我的R运行环境里，用的是Seurat v5，出现这个问题主要是Infercnv与新的Seurat对象不兼容 解决 在运行infercnv::run()之前，运行代码：
-
单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
-
monocle分析及结果解读1.写在前面的话： 近年来，由于细胞的异质性及发育分化等相关的问题越来越被研究者们所关注，单细胞转录组分析为研究异质细胞群的复杂生物学过程提供了方法和工具。每一个细胞进行转录...
-
CytoTRACE：推断拟时细胞起点辅助在做monocle的时候，我们最纠结的地方莫过于确定细胞的起点了。如果是比较明确的分析知道起点，或者有参考文献，结合自己的生物学背景能够推断还好，可是如果自己一篇空白，该怎么...
-
实验记录9：Monocle包的使用方法梗概 参照官网教程：http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#getting-started-with...
-
单细胞测序分析之Monocle2包学习笔记前一阵子练习了几个单细胞测序分析，然而对于所用的R包并没有深入的学习。作为强迫症晚期患者，想知其然，还想知其所以然，所以打算仔细的学习这些R包的使用。这篇文章将深入的学习Mo...
-
Monocle2包学习笔记（四）：Differential Expression Analysis
差异基因表达分析是RNA-Seq实验中的常见任务，Monocle2可以帮助我们找到在不同组细胞之间差异表达的基因，并评估这些基因差异表达变化的统计学意义。 Basic Dif...
-
SCENIC: 单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类作者：ahworld链接：SCENIC | 以single-cell RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类)来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联...
-
scRNA-Seq | SCENIC 推断基因调控网络和细胞类型转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ，调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...
-
跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分
更多精彩请至我的公众号《KS科研分享与服务》 第一次接触基因评分是在一篇文章中，也不知道这样的叫法对不对，作者选定了几个炎症基因，利用seurat包的一个打分函数AddMod...
-
深入理解R包AUcell对于分析单细胞的作用首先我们来看看对AUcell的介绍AUCell可以识别单细胞RNA序列数据中具有活跃基因集（例如signatures，基因模块...）的细胞。 AUCell使用“曲线下面积”...
