参考： 生信：2：sam格式文件解读[https://blog.csdn.net/genome_denovo/article/details/78712972]FastQ S...
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fastq污染源检测 -
基因组重测序分析干货### 一般从测序公司拿到的下级数据有raw data，或者经过质控之后的clean data，格式为fq。参考基因组及注释文件gff从网上下载。分析流程如尾图所示。 分析软...
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二代测序序列拼接：fastp
对于PE数据，fastp通过-m/--merge选项实现拼接模式。-m, --mergefor paired-end input, merge each pair of re...
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序列比对软件 MUMmer 结果文件解读（三）该系列主要介绍了 MUMmer 软件下核苷酸序列比对程序 nucmer 的使用，计算操作见前两篇推文； 序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.j...
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使用MAKER进行注释: 学习MAKER的配置参数
MAKER配置文件详解 本文翻译自http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/The_MAKER_cont...
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samtools: sortsamtools sort [options] input.bam 仅可对bam文件进行排序默认对最左侧坐标进行排序处理后会在header中加入相应的行默认输出格式是bam，...
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NCBI下载SRA数据的4种方法作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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学习笔记<br>研究方向: 植物群体遗传学<br>
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R语言z-score转p.value
z-score计算方法为：Z =（x-μ）/ σμ为均值，σ为标准差。 以下是R中将z-score转为p.value的方法： pnorm(q, mean = 0, sd = ...
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基因流分析——D统计基本概念 基因渗入(introgression)： 是在遗传学中，指两个基因库间的基因流动，通常是经过种间杂交产生。基因渗入是一个长期的过程，它可能需要许多代杂交才能产生回交...
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treemix使用2021-03-11
一、vcf文件格式转换 转换成plink格式 注意：plink2treemix.py[http://plink2treemix.py]从https://bitbucket.o...
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基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也称基因迁移） 是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非...
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ggplot2之文本换行在做基因富集时，有些通路特别长，以至于使图片的大小不好控制，这种情况可以用stringr包的str_wrap来完成文本自动换行。如使用clusterProfiler的barp...
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构建所需orgDb，用于clusterProfiler富集分析在clusterProfiler进行富集分析时，发现目前只支持19个物种，如果要对这些物种之外的物种进行富集分析则需要自己构建orgDb物种包。 1.首先安装eggnog-m...
