hello，大家好，之前呢，分享了10X单细胞和10X空间转录组的降维算法，不知道大家掌握了多少。今天我们来分享默认的聚类算法Louvain，Louvain算法是目前单细胞分...
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10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之Louvain -
10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之leidenhello，大家好，今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden，其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到，其中有一个参数algorit...
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单细胞转录组免疫组库（TCR/BCR-seq）测序(scRNA 5'端测序)免疫组库是哪位？ 能够称为“组库”，首先是功能相似的N多细胞的集合。而“免疫”是指免疫细胞，特指T/B淋巴细胞。“So~免疫组库”（Immune Repertoire，IR[...
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细胞异质性||Louvain 算法概述什么是细胞异质性？ 在谈及细胞异质性之前，还是让我们先来看看肿瘤的异质性吧：肿瘤的异质性是恶性肿瘤的特征之一，是指肿瘤在生长过程中，经过多次分裂增殖，其子细胞呈现出分子生物学...
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Python魔法方法在python中，有一些内置好的特定的方法，这些方法在进行特定的操作时会自动被调用，称之为魔法方法，下面介绍几种常见的魔法方法。 1、__init__：初始化函数，在创建实例...
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CUT&Tag数据分析笔记（1）前几天学习了文献CUT&Tag[https://www.jianshu.com/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟着官网来学习如何分析CUT&Tag数据了...
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宏基因组分箱(Binning)技术导读 宏基因组分箱（Binning）是将宏基因组测序得到的混合了不同生物的序列或序列组装得到的contigs按物种分开归类的过程，类似下图[1]。传统的单物种全基因组序列都是...
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linux convert 常用命令
示例一：综合操作（ImageMagick命令行）---------------------------------------------------------------...
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单细胞转录数据分析之ScanpyScanpy 是一个基于 Python 分析单细胞数据的软件包，内容包括预处理，可视化，聚类，拟时序分析和差异表达分析等。https://genomebiology.biom...
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机器学习笔记2 - 机器学习的一般流程
1、数据基本处理 数据集的划分 根据用途可将获取到的数据划分为训练集和测试集，有时还会有验证集。 一般而言训练集用于训练模型，测试集用于测试模型的效果（泛化误差）。严格来讲，...
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机器学习笔记3 - 模型评估与性能度量模型在训练集上误差称为训练误差，在测试集上的误差称为测试误差，在未知数据上误差称为泛化误差；测试误差可以作为泛化误差的近似。 评估方法 评估模型的泛化能力，用以指导模型参数的...
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机器学习笔记4 - 矩阵及其运算
关于两种对象类型的选取： NumPy中的matrix类型对象和MATLAB中的matrix类型等价，和NumPy中数组类型对象底层基本结构不同； 在NumPy中，针对大规模数...
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机器学习笔记1 - 环境搭建Anaconda Anaconda安装 下载 Anaconda[https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.11-Win...
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R语言的plyr包简介R语言中的类SQL操作 plyr包可以进行类似于数据透视表的操作，将数据分割成更小的数据，对分割后的数据进行些操作，最后把操作的结果汇总。 本文主要介绍以下内容： Split...
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UpSetR：集合可视化神包对于集合的可视化，第一时间想到的都是韦恩图（venn diagram），一般集合不超过5个的时候，可视化效果还是不错的 但是一旦数据集增加，比如说五个的时候，你就很难从图中解...
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ChIPseeker的upsetplot是怎么写的在距今2年前的一个日子里，我写了一篇关于upsetR的简单教程。两年过去了，这篇教程是百度搜索的第一位。 在这篇教程中，我定了一个计划 下一期写一篇Y叔的upsetplot是...
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ggplot2条形图添加数据标签title: "添加数据标签"author: "wintryheart"date: "2019/7/21"output: html_document 数据 简单的条形图 ge...
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R语言--字符处理（stringr包）
R语言支持字符处理，内置了系列函数(grep、gsub等)，但系列函数定义混乱，对使用者极不方便。stringr包是专门用于字符处理的R包，函数定义简洁、使用方式统一，是使用...
