tar是 Linux/Unix 中的一个常用工具，用于创建和提取归档文件。tar的全称是 “tape archive”，它原本设计用于将文件存储到磁带设备上，现在广泛用于文件...
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tar 打包和压缩文件
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Sweepfinder2 检测正选择信号
SweepFinder2 使用一种基于Composite Likelihood Ratio (CLR)的方法来检测正选择。CLR 是一种统计量，通过比较基因组中特定区域的观察...
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XP-CLR 检测不同种群间选择信号XP-CLR 的基本思想是利用不同种群的等位基因频率差异和连锁不平衡模式来识别选择信号。假设一个基因在种群 A 中经历了选择，而种群 B 没有，选择位点周围的 LD 模式和等...
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OmegaPlus 检测正选择信号OmegaPlus是一个用于检测基因组数据中正选择痕迹的生物信息学工具。基于单倍型频率分布和重组事件检测选择信号，通过计算ω统计量（omega statistic）来识别选择...
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跟 Susan R. McCouch 学习单基因的进化分析基于 Susan R. McCouch 同期的两篇文献学习一下单基因的进化分析，一篇是发表在 PNAS 上关于水稻香味基因 BADH2 的分析，另一篇是发表在 Genetic...
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基于 GetOrganelle 组装叶绿体基因组
GetOrganelle是一款由中国科学院昆明植物研究所的金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件，主要用于从基因组测序数据中组装完整的细胞器基因组，尤其擅长组装植物质体...
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samtools 一些使用命令
对 SAM 或 BAM 格式的文件进行快速的统计分析： samtools flagstat xx.bam 示例： 415088184 + 0 in total (QC-pas...
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LTR finder 和 LTR_retriever 使用说明
LTRfinder是一个用于识别和分析基因组中长末端重复序列（Long Terminal Repeat, LTR）的工具。LTR是一种在许多真核生物的基因组中普遍存在的转座子...
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ABBA-BABA 检验
ABBA-BABA检验是一种用于识别基因流的方法，它基于四群体模型，其中包括两个与第三个群体（P3）密切相关的群体（P1和P2），以及一个外群（O）。 在ABBA-BABA检...
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awk 从一串字符中提取特定部分
Parent=Os01t0115700-00 从这个字符中提取 Os01t0115700 echo "Parent=Os01t0115700-00" | awk...
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基于 RepeatModeler 预测基因组的重复序列重复序列在基因组中广泛存在，包括转座子、简单重复序列和低复杂度区域等。这些重复序列对于基因组结构、功能和进化具有重要影响。RepeatModeler 通过分析输入的基因组序列...
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转座子元件注释 RepeatMasker 安装
RepeatMasker是一个用于识别和屏蔽（mask）基因组中重复序列的软件工具。重复序列在基因组中占据了很大的比例，并且对基因组的结构和功能具有重要的影响。RepeatM...
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结构变异检测软件 SYRI 的使用目前检测结构变异的方法众多，长 reads 序列的比对有 NGMLR、Minimap2、Nucmer 等；基于序列比对结构检测结构变异的软件有 SVIM、Sniffles、S...
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群体遗传结构分析（admixture、PCA、NJ_tree）
首先，对 vcf 文件的格式进行转换，转换为 plink 格式： vcftools --gzvcf test.vcf.gz --plink --out test_out...
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Inparanoid 寻找物种间直系同源基因
InParanoid 是一个用于寻找直系同源基因（Orthologs）的计算机程序，其目标是发现不同物种之间具有相似功能的基因。 软件下载安装： git clone http...
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R语言 ggplot2 柱形图添加误差条和差异显著性标识绘制分组柱状图；柱状图上添加误差线；组内柱子之间添加显著性差异表示（字母表示）。 大概思路是首先绘制分组柱形图，然后利用geom_errorbar 和 geom_text 直...
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OrthoFinder 检测同源基因OrthoFinder是一种用于鉴定和比较生物学物种之间的同源基因组学的工具。同源基因是在不同物种之间由共同祖先继承的基因。OrthoFinder旨在帮助研究人员理解基因组学...
