0.软件的安装略1.物种树的构建参见 https://www.jianshu.com/p/336b65ca1b67[https://www.jianshu.com/p/336...
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基因家族的收缩与扩张 与 物种分歧时间的估计
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使用wgd进行全基因组复制分析这篇教程是我在2019年9月左右分析WGD时的笔记。目前来看，背景介绍和软件使用说明都基本没啥问题。但是现在更建议大家使用wgdi进行比较基因组学中相关分析，教程见如何用WG...
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基因结构注释（4）：整合预测结果参考链接 如何对基因组进行注释[https://www.jianshu.com/p/931e9821c45a] 从头预测，同源注释和转录组整合都会得到一个预测结果，相当于收集...
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基因结构注释（2）：同源注释同源预测(homology prediction)利用近缘物种已知基因进行序列比对，找到同源序列。然后在同源序列的基础上，根据基因信号如剪切信号、基因起始和终止密码子对基因结...
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如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
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T2T基因组组装（一）：Hifiasm ONT-only初步组装
欢迎访问我的博客[https://yuntaobioinformatics.wordpress.com/]！https://yuntaobioinformatics.word...
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修复eggNOGmapper的数据库下载问题
真的绷不住了要 正常来说eggnog下载数据库是使用download_eggnog_data.py，但是这个py里面是硬编码的下载地址 然后下载地址换了，作者一直没修复，gi...
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修复Racon的Illegal instruction（非法指令）错误
每天都能见到新的花样的bug 用Racon进行polish的时候直接在sh中提示非法指令 (genomics) tl5024@iyun50:~/genome/work$ ra...
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AGAT处理基因组gff3/gtf文件
最近在对大型植物基因组进行分析，36GB，最长的染色体长度为4.3GB 这样的话，如果使用gffread将gff3文件转换为gtf文件的话，将会出现负数坐标的严重bug 结果...
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WGCNA分析，简单全面的最新教程本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。 WGC...
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转录组分析：RNA-seq pipeline through kallisto or salmon
RNA-seq pipeline through kallisto or salmon kallisto 和salmon相比含有hisat2和STAR等软的RNA-seq流程...
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RNA-seq 分析流程（一）linux部分
基于miniconda3进行linux部分分析,由于很多软件是基于Python3.7写成的，建议使用Py3.7版本的miniconda3miniconda3安装及注意事项见：...
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生信 | 构建物种的OrgDb写在前面 本文主要参考生信小白2018[https://www.jianshu.com/p/bb4281e6604e]与多啦A梦的时光机[https://www.jiansh...
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超大型基因组的转录本提取
我说真的，在我写这篇以前我从来没有想过「提取转录本」这种东西有什么好写的 直到我遇到了百合，这个破事也能卡我一整天 1 失败的尝试 岷江百合（L. regale）的1号染色体...
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【生信实战】最详细的非模式物种的GO/KEGG富集分析全攻略
有时候不得不感慨，时间已经来到了2024年的尾声，但是对于许多非模式的物种来说，各种工具、数据集、参考等等依然还在寒冬。今天带大家手动的构建属于小众物种的富集分析全攻略。 1...
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Linux下载Figshare上的文件
欢迎访问我的博客My blog site:https://yuntaobioinformatics.wordpress.com/[https://yuntaobioinfor...
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使用Docker的Trinity进行无参转录组分析
我的博客地址： https://yuntaobioinformatics.wordpress.com/2025/06/18/%e4%bd%bf%e7%94%a8docker%...
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解读基因组Survey的k-mer分析曲线我的博客主页https://wordpress.com/home/yuntaobioinformatics.wordpress.com[https://wordpress.c...
