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POLLIGATOR
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    一行代码合并多个空间转录组数据

    写了个简单的程序用于空间转录组数据的和整合，包含的合并方法有以下几种：1.CCA（基于Seurat）2.Harmony3.FastMNN（基于batchelor）4.scVI...

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    EX-ST 膨胀的空间转录组

    最近Nature Method 发表了一篇很有意思的文章，讲述了一个基于Visium改进型的空间转录组，文章借用了Mechanical expansion microscop...

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    空间转录组---特斯拉 TESLAforST

    这里的特斯拉不是电动车，是一个最近（May 17，2023）发表在Cell Systems 上的一个用于空间转录组数据分析的工具。TESLA (Tumor Edge Stru...

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    特征选取直接决定模型表现，所以特征选取过程是不是有点模糊和主观呢？都用机器学习了，不应该坚持到底吗？

    环境与健康系列(四)——利用随机森林算法和公开历史数据解析日照市2013-2019年空气污染特征

    本文共计约七千字，读完大概需要20分钟。 谨以此文献给我的26岁生日和这片土地。 一、背景介绍 山东省既是总GDP名列中国第三的经济大省、人口过亿的人口大省，也是能源消耗...

    山后客
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    CellDancer

    细胞不会跳舞我不知道，但似乎nature biotech的文章代码会有毒。。。 CellDancer是最新发表在nature biotechnology上的一个类似scVel...

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    不好意思，好久没登录了，刚看见你的信息。spliced和unspiced 时需要将RNA-seq原始数据进一步处理得到的，你可以用Starsolo ，也可以使用 velocyto 处理得到。具体请查阅相关教程。至于anndata里保存哪个数据，如果手动转换，你是可以指定的，我不确定使用sceasy转换时什么情况，应该是都转过去了，分成了不同的layer，你可以自己试试看。

    CellRank

    ---我不生产代码，我只是个代码的搬运工。 今天来盘盘这个新工具，这个工具的一大优点就是在有或者没有splicing数据的时候，都可以用，效果如何， 还在用自己的数据评测中。...

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    科技已经被智子锁死

    nature 于2023 年年初发表了一篇文章，该文章评估了一下过去50年来科研文章的创新性。文章使用了一个叫做CD index 的打分系统：The CD index ran...

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    智能绷带

    Nature Biotechnology 发了一篇无线智能绷带的文章，很有意思。万物既可以智能化啊。其设计是在电路板上加入了若干感应器，将其贴于创伤表面，检测温度来推断可能的...

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    为什么CytoTRACE会失效？

    CytoTRACE是 2020 年发表在Science 上的一个trajectory 推断工具，其原理是基于一个经验性的观察，即基因表达数目和发育阶段的相关性，differe...

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    无知者无畏

    最近在做一个SCENIC 下游的分析，看到了一个叫CSI（Connection specificity index）的东西，大概的原理就是利用AUC的分数通过pearson相...

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    CellRank

    ---我不生产代码，我只是个代码的搬运工。 今天来盘盘这个新工具，这个工具的一大优点就是在有或者没有splicing数据的时候，都可以用，效果如何， 还在用自己的数据评测中。...

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    Seurat 修改cluster的标签

    修改cluster的标签前，先要确认当下的默认ident是哪个:假设有个seurat object 叫做scRNA： 如果该默认ident需不是想要进行操作的，需要更改为想进...

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    DoubletFinder的可重复性问题

    作为一个多细胞去除工具，DoubletFinder似乎很流行，另外有文章指出，这个工具相对于其他同类竞品工具具有优势，详见此文： https://www.sciencedir...

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    AddModuleScore 和AUCell 的本质区别就是算法不同，不明白你为什么说“AddModuleScore函数仅仅是对选定的基因进行评分，其意义有限”，你把AddModuleScore 用的基因集换成AUCell 用的Hallmark，不一样吗？求解

    跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分

    更多精彩请至我的公众号《KS科研分享与服务》 第一次接触基因评分是在一篇文章中，也不知道这样的叫法对不对，作者选定了几个炎症基因，利用seurat包的一个打分函数AddMod...

    KS科研分享与服务
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    也谈火山图

    逐渐感觉到，一些人正在将生信分析带偏，他们着重强调图片的观赏性，而忽视了生信分心的本质不是为了文章凑图片，而是能利用大数据分析观测到wet lab实验不能观测的新视角，提供新...

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    不知道这些包的作者到底在想什么

    就是想吐槽一下，实在不明白以下这些包的作者想的是啥， 难道就是为了发个文章了事吗？ 1.scDeepSort Nucleic Acids Research, Volume 4...

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