scDIOR 是一个用于在 R 与 Python 之间进行单细胞数据转换的工具。这个工具主要由两个部分组成：一个是 R 的包 dior，另一个是 Python 的库 diop...
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使用scDIOR实现R与Python之间的单细胞数据转换 -
在R中快速生成每一行都一样的矩阵需求：有一个向量row_value，需要生成一个每行都为向量row_value的n_rows行矩阵。 方法一：使用rep和matrix函数 先使用rep()函数将向量row_...
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全网首发，用于单细胞ATAC分析的Socrates包Socrates是一款用于分析snATAC数据的R语言包，但是该包发表后并没有引起多大水花，最直观的就是，Github上该包的Issues只有10条，其中两条还是本人最近贡献...
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没有人比我更懂R包安装R语言包安装的几种方式 从CRAN（Comprehensive R Archive Network）中安装，例如安装ggplot2包install.package("ggpl...
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FastCopy——Windowns下加速备份组学大数据写在开头：虽然没用ChatGPT的文案，但不得不说，他真的很会写！！！ 前情提要： 本人最近在整理备份一些组学数据，数据量大，利用Windowns系统自带的复制粘贴命令在不同...
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HiCUP安装时遇到的陈年老BUGPS：本人今年4月份就安装了HiCUP，但由于运行时一直有问题，直到9月份才解决了这个bug。 HiCUP的安装非常简单，只需要从官网下载安装包，解压后赋予执行权限即可 官网...
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用Python爬取某期nature杂志所有文章标题
得到的结果如下： EditorialChatGPT is a black box: how AI research can break it openThe United K...
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HZAU植科院农学本科毕业生<br>HZAU信息学院生信专业硕士毕业生<br>目前就职于国内某知名药企数据分析岗位<br>主要擅长SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>对爬虫、网站搭建感兴趣<br><br>欢迎一起讨论呀~<br>简书不定时查看，有需要欢迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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无痛从seurat迁移到monocle3（UMAP seurat cluster）
注意，这里使用的seurat对象要求已经run过runUMAMP()findCluster等函数，否则也没有必要把seurat的结果弄到monocle3的cds对象里 1. ...
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用networkD3画桑基图
参考链接：https://r-graph-gallery.com/321-introduction-to-interactive-sankey-diagram-2.html[...
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您好，请问如果对于非模式生物，如果添加motif注释呢
使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十二章)
本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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您好，请问您在使用ArchR中的addMotifAnnotations()函数时有没有用过自定义的motif文件呢？
ArchR官网教程学习笔记12:Motif和Feature富集
系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：Getting Started with ArchR[https://www.jianshu.com/p/a2bcdfb77961]A...
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单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay?前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...
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在Linux系统中实现R语言画图实时预览在Linux中使用R语言时通常无法实时预览画图结果，需要导出PDF传到Windows下才能看，但画图过程中可能会频繁调整参数来修改配色等其他设置，因此如果能够实时预览R语言可...
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小麦BSgenome构建
安装R包BSgenome 输入文件1：2bit格式的基因组序列文件 输入文件2：seed文件 BSgenome包内置了某些基因组的seed文件，存在~/anaconda3/e...
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seurat对象处理Seurat是单细胞分析经常使用的分析包。seurat对象的处理是分析的一个难点，这里我根据我自己的理解整理了下常用的seurat对象处理的一些操作，有不足或者错误的地方希望...
