参考文献：Confronting false discoveries in single-cell differential expression[https://doi.o...
发简信
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一个R包搞定22种单细胞基因差异分析 -
单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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Seurat 基础知识
（一）Seurat的数据结构 版本：3.1.5 直接输入Seurat object的名称，我们可以得到类似如下内容： An object of class Seurat 13...
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从0开始，包括软件安装，环境设置，原始数据下载，转换，差异基因分析等整个流程
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如果你是程序员，或者有一颗喜欢写程序的心，喜欢分享技术干货、项目经验、程序员日常囧事等等，欢迎投稿《程序员》专题。 专题主编：小彤花园 http://www.jianshu.com/users/4a4eb4feee62/ 【程序员】专题拒稿指北：http://www.jianshu.com/p/7c8b33b5f63b 投稿须知： 1.收录相关技术文章，但不限于技术，也可以是项目经验类的文章和程序员日常。 2.文章內不得有任何推广信息。包括但不限于公众号、微博、微信，更不得在通过投稿后再修改文章加入推广信息。你可以将这些推广以及个人信息放在个人主页介绍里。 3.字数极少，段落混乱，大段代码没有放到代码框的文章不收录 4.不相关的内容不收录，请确认文章内容和本专题相关 目前针对优质作者及爱好者，开设了官方程序员微信群，希望加入请发简信给主编小彤花园索取个人微信，主编会将你加入到【程序员】微信群，分享内容，收获知识。添加微信时备注昵称。
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Pythoner的集中营, 收集关于Python的各种知识教程. 推荐文章和系列阅读: 1. Python 零基础入门资料整理（更新版） http://www.jianshu.com/p/9c02dade7e90 2. Python 零基础入门资料整理 http://www.jianshu.com/p/5eee782b8627 3. Python 从入门到高手系列视频教程 http://www.jianshu.com/p/93085280e4a4 4. Python学习网络资源整理 http://www.jianshu.com/p/fe0e5a515696 5. Python爬虫学习系列专题 http://www.jianshu.com/notebooks/255245/latest 6. Python Django博客开发专题 http://www.jianshu.com/notebooks/293635/latest PS: 另招Python热心管理员
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收集一些R语言相关的报错和解决方案。如果有些问题你无法处理，欢迎整理问题发送到xuzhougeng@163.com
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我的生信自学心得分享
这是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 从2016年，我开始自学生物信息，那个时候，为了加深自己学习，所以就不间断的在网上分享我的学习笔记。 我有一个自己的博客，xu...
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RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
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溶酶体和线粒体共存的所思所得几年前，基于蛋白组数据，苦思冥想后提出一个可能的理论： 溶酶体和线粒体可以融合共存。也就是内体溶酶体和自噬体融合后，并未发生传统的线粒体完全被消化，而是像十几亿年前的原真核细...
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不好好作图的NCS系列(四)：跟着Cell学习与众不同的火山图
这次我们还是继续重复下面这篇Cell文章中的散点图（火山图），这次采用R语言来实现。同时，这里面包含一些画图的知识点！ 读入差异基因分析的文件，并加载ggplot2。 文件中...
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想问下第三种火山图怎么弄呢?像第三张图那样标出top10基因
转录组不求人系列(十): NCS级别的火山图，总有一款适合你！
转录组差异基因分析完之后就可以进行后续的分析了，但在此之前重要的是对差异结果的可视化，可视化办法有很多，例如热图，我们之前已经详细的说过如何做了，这一节着重说一下火山图的制作...
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转录组不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、KEGG富集分析工具
对于转录组分析，差异基因筛选完成后，就算是成功一大半了。接下来就可进行下游分析了。首先最常见的就是对上下调基因的富集分析了，富集分析我们之前出过一期R语言版本的： clust...
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转录组不求人系列(十一): R语言绘制不一样的韦恩图
韦恩图本来是不想说的，因为很简单，也有在线工具，然而还是有小伙伴询问如何制作韦恩图，那种韦恩图的元素大小用不同大小的圈表示，在线工具可以实现：http://www.biove...
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转录组不求人系列(十): NCS级别的火山图，总有一款适合你！
转录组差异基因分析完之后就可以进行后续的分析了，但在此之前重要的是对差异结果的可视化，可视化办法有很多，例如热图，我们之前已经详细的说过如何做了，这一节着重说一下火山图的制作...
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DESeq2详细用法1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummarizedExperiment对象...
