个性化生信分析
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慢病毒过表达转录组实战常用的病毒载体有腺病毒、逆转录病毒和慢病毒。逆转录病毒载体只能感染分裂期细胞，而且容量有限，腺病毒一般不能整合到染色体上，只能进行瞬时感染。与其它逆转录病毒相比，慢病毒（LV...
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ASE（等位基因特异性表达） —— 完整流程
前段时间，接了老师一个等位基因特异性表达的任务，前后再加上其他的分析带着做，再捋流程，拖拖拉拉也用了小一个月，终于从原始测序数据，得到了最终的那张table，具体的内容基本已...
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Ribo-seq分析综述Beyond Read-Counts: Ribo-seq Data Analysis to Understand the Functions of the Transcrip...
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【R语言】Robust Rank Aggregation(RRA)方法介绍RRA（Robust Rank Aggregation）是一种对排名进行整合，获得一个综合性排名列表的算法。这个方法最早实在2012年发表在Bioinformatics杂志上...
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R绘图：ggplot2绘制火山图火山图是测序分析报告中最为核心的图片之一。绘制火山图的方法有许多，Excel和第三方软件等，本文主要运用ggplot2和ggrepel两个R包演示[1][2]。横坐标为Fol...
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varianceStabilizingTransformation
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = exprSet,colData = colData, design = ~ group_l...
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链特异性建库测序原理
RNA-seq基本流程 下图是一个大概的RNA-seq基本流程 [图片上传失败...(image-8ca9c-1586161495252)] 把RNA破碎成小片段，然后将RN...
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Featurecounts：比对计数工具
按道理，featurecount应该是转录组分析中最基本的工具，但由于没有深挖其中的参数，前段时间在用它处理转录组数据时还是吃了大亏。现在将一些常用的参数记录下来： 首先在计...
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2022-07-28 判断是否是链特异性文库测序
利用RseQC进行判断，其python小脚本infer_experiment.py可以帮助我们判断链特异性测序。 准备bed文件： convert2bed convert2b...
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整理得好清晰，感谢！请问一下STAR比对时，stranded 或un-stranded的比对方时需要怎么调整才适合寻找新转录本鉴定呢
一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?
小小的眼睛里，装着……大大的疑惑 全文2800字，伤脑筋…… 今天尝试把自己对于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 这个问题的理解给...
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一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，装着……大大的疑惑 全文2800字，伤脑筋…… 今天尝试把自己对于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 这个问题的理解给...
